LXL04_011889 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011889

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 2339227-2340163 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

570 bp · LXL04_011889|LXL04_011889|OH1004|cDNA

ATGACACTCGAAGACACCATGAAGGTTGAGGTAGAATCCAACTGCCCGCCGGAGCCACCCGTCGCCGCCGAAGAAAAAGCTATTGTCCCAGTCGAACCTCCTGTTCTTGAAGAGAAGACCACCGACGATTCTAAAGCTCTCGCCATCGTCGAAAAGCCAACAGAAGCATGTGAGGAGAAACCTAAAGAGGGGTCTATCAACAGAGACGATGTTCTTGCTAAAGTAGTAACAGAGAAGAAATTAGCACTTATTACAGCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · LXL04_011889|LXL04_011889|OH1004|CDS

ATGACACTCGAAGACACCATGAAGGTTGAGGTAGAATCCAACTGCCCGCCGGAGCCACCCGTCGCCGCCGAAGAAAAAGCTATTGTCCCAGTCGAACCTCCTGTTCTTGAAGAGAAGACCACCGACGATTCTAAAGCTCTCGCCATCGTCGAAAAGCCAACAGAAGCATGTGAGGAGAAACCTAAAGAGGGGTCTATCAACAGAGACGATGTTCTTGCTAAAGTAGTAACAGAGAAGAAATTAGCACTTATTACAGCATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · LXL04_011889|LXL04_011889|OH1004|PROTEIN

MTLEDTMKVEVESNCPPEPPVAAEEKAIVPVEPPVLEEKTTDDSKALAIVEKPTEACEEKPKEGSINRDDVLAKVVTEKKLALITAWEESEKSKAENRAQQKLTSIIAWENSKKADLEAELKKMEEDLEKKKAKYIEKMKNKIVLLHKKAEEKKALTEAKCGEEIIKAEEVAAKCRATGETPKKLLGWF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011889`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011889

位置 Chr03:2339227-2340163 (-)

描述 Similar to Remorin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g23750`	Remorin 1.4蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g61260`	未表征蛋白 At3g61260。	暂无已核实直接文献
`At2g45820`	显示无特异性序列的DNA结合活性。	暂无已核实直接文献
`At2g41870`	与 REM4.1 协作正向调控 BCTV 和 BSCTV 易感性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011889 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0051665 membrane raft localization 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41870

ath:AT2G45820

ath:AT3G61260

ath:AT5G23750

sot:102577743

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.452

排名 1 · LXL04_011889 · OH-1004

细胞质0.301

排名 2 · LXL04_011889 · OH-1004

细胞核0.196

排名 3 · LXL04_011889 · OH-1004

内质网0.079

排名 4 · LXL04_011889 · OH-1004

质体0.063

排名 5 · LXL04_011889 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03766.19Remorin_N23-75 aa

PF03763.19Remorin_C79-184 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011889	`PF03766.19`	Remorin_N	23	75	9.9e-17	61.4
LXL04_011889	`PF03763.19`	Remorin_C	79	184	2.3e-31	108.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFA5`	拟南芥	Remorin 1.4	69.355%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2D8`	拟南芥	Uncharacterized protein At3g61260	57.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80837`	拟南芥	Remorin	56.021%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93758`	拟南芥	Remorin 4.2	39.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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