LXL04_011776 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011776

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 32875-38619 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2574 bp · LXL04_011776|LXL04_011776|OH1004|cDNA

ATGTATTCATGCGAGACTACTACGATGTTGTTAGGTCGCGGAAGCTCTTTAATCCTTGTCAGAAACTCCAATTGCCACTATTTAGTTCCAAAGAAGAATTATCTTCTTCGTAACTCAACGAGATTCCGGTGTATGCTGGATCACGTTGTCCCCAAATTCACGGTCTCATCGTCCTTAAGTACGGTATTGACCTCAGGAAATGTAATCGCTGCCGCTGCCGTTGCTGGGTCCGGTCCTCTCCATGGGGCAGTAACGTCGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2574 bp · LXL04_011776|LXL04_011776|OH1004|CDS

ATGTATTCATGCGAGACTACTACGATGTTGTTAGGTCGCGGAAGCTCTTTAATCCTTGTCAGAAACTCCAATTGCCACTATTTAGTTCCAAAGAAGAATTATCTTCTTCGTAACTCAACGAGATTCCGGTGTATGCTGGATCACGTTGTCCCCAAATTCACGGTCTCATCGTCCTTAAGTACGGTATTGACCTCAGGAAATGTAATCGCTGCCGCTGCCGTTGCTGGGTCCGGTCCTCTCCATGGGGCAGTAACGTCGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

857 aa · LXL04_011776|LXL04_011776|OH1004|PROTEIN

MYSCETTTMLLGRGSSLILVRNSNCHYLVPKKNYLLRNSTRFRCMLDHVVPKFTVSSSLSTVLTSGNVIAAAAVAGSGPLHGAVTSAITQVAVTAVAIASGACLSTKVDFLWPKVDEQPGSYILDGVDVTGYPIFDDPKVQKAIAFARKAHHGQLRKTGDPYLTHCIDTAKILAVLVPSTGKKAIDTVISGILHDVVDDTCESLYNIEREFGEDISKLVAGVSRLSYINQLLRRHRRVNVNQATLGYEEANNLRVMLLGM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011776`
TK1151 ID	TkA02G616520
OH-1004 ID	LXL04_011776
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 48.425 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011776

位置 Chr03:32875-38619 (-)

描述 Similar to spoT: Probable guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase (Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54130`	在体外具有鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	Expression profiling of four RelA/SpoT-like proteins, homologues of bacterial stringent factors, in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1007/s00425-008-0758-5
`At3g14050`	在体外具有鸟苷3′-二磷酸5′-二磷酸（ppGpp）合酶活性，并能在功能上互补大肠杆菌relA突变体。	Expression profiling of four RelA/SpoT-like proteins, homologues of bacterial stringent factors, in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1007/s00425-008-0758-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0457600`	可能的ppGpp（鸟苷酸3'-二磷酸5'-二磷酸）合成酶，可能参与植物对病原体和其他胁迫的快速ppGpp介导反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011776 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0015949 nucleobase-containing small molecule interconversion 生物过程

GO:0015969 guanosine tetraphosphate metabolic process 生物过程

GO:0015970 guanosine tetraphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008728 GTP diphosphokinase activity 分子功能

GO:0008893 guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity 分子功能

GO:0016301 kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54130

bbu:BB_0198

dosa:Os08g0457600

syn:slr1325

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.951

排名 1 · LXL04_011776 · OH-1004

线粒体0.057

排名 2 · LXL04_011776 · OH-1004

细胞核0.036

排名 3 · LXL04_011776 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_011776 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 5 · LXL04_011776 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13328.13HD_4143-310 aa

PF01966.29HD162-278 aa

PF04607.24RelA_SpoT449-568 aa

PF24500.2DUF7589599-734 aa

PF02824.28TGS802-854 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011776	`PF13328.13`	HD_4	143	310	3.1e-43	147.9
LXL04_011776	`PF01966.29`	HD	162	278	6.8e-09	36.7
LXL04_011776	`PF04607.24`	RelA_SpoT	449	568	2.2e-36	125.3
LXL04_011776	`PF24500.2`	DUF7589	599	734	2.6e-73	245.4
LXL04_011776	`PF02824.28`	TGS	802	854	9.1e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYH1`	拟南芥	Probable GTP diphosphokinase RSH3, chloroplastic	32.727%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVJ3`	拟南芥	Probable GTP diphosphokinase RSH2, chloroplastic	31.982%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XAP4`	水稻	Probable GTP diphosphokinase RSH2, chloroplastic	33.030%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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