LXL04_011170 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011170

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 159320529-159321653 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · LXL04_011170|LXL04_011170|OH1004|cDNA

ATGATTAATAAGTATTCTTTTGATGCAGTAACTTGCATACAGTTTAATCCTGTTGATGAAAGATACTTCATAAGTGGATCACTTGATTCAAAAGTCAGGATTTGGAGTATTCCTGATCACCAAGTTGTTGATTGGAATGATATGAAAGAAATGGTTACTGCTGCTTCCTATACACCAGATGGCCATGCTTCAATAGTTGGTTCCTACAAAGGGAGCTGCTGTTTATACGACACAACTGACAAATTTGTTCATGAATCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · LXL04_011170|LXL04_011170|OH1004|CDS

ATGATTAATAAGTATTCTTTTGATGCAGTAACTTGCATACAGTTTAATCCTGTTGATGAAAGATACTTCATAAGTGGATCACTTGATTCAAAAGTCAGGATTTGGAGTATTCCTGATCACCAAGTTGTTGATTGGAATGATATGAAAGAAATGGTTACTGCTGCTTCCTATACACCAGATGGCCATGCTTCAATAGTTGGTTCCTACAAAGGGAGCTGCTGTTTATACGACACAACTGACAAATTTGTTCATGAATCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · LXL04_011170|LXL04_011170|OH1004|PROTEIN

MINKYSFDAVTCIQFNPVDERYFISGSLDSKVRIWSIPDHQVVDWNDMKEMVTAASYTPDGHASIVGSYKGSCCLYDTTDKFVHESLRYFIFQICGQVYSGCECDMMIAERDAQTQVGATFVDEAEILKNVLGERRGHTKGVGRKLETVSRYPNFFKQQSAERDEINKNLLGMQKQLMEMQQYNKSLLEALRNQFPNFQPSSQPSSETSNNED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011170`
TK1151 ID	TkA03G570150
OH-1004 ID	LXL04_011170
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_011170`
位置	Chr02:159320529-159321653 (-)
描述	Similar to SPAC3H5.08c: Uncharacterized WD repeat-containing protein C3H5.08c (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011170` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006887 exocytosis 生物过程 GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程 GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport 生物过程 GO:0045724 positive regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0060627 regulation of vesicle-mediated transport 生物过程 GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程 GO:0061824 cytosolic ciliogenesis 生物过程 GO:1902018 negative regulation of cilium assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:286825 hsa:54521 mmu:72404 spo:2543641 xla:734726 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · LXL04_011170 · OH-1004

细胞质0.302

排名 2 · LXL04_011170 · OH-1004

线粒体0.027

排名 3 · LXL04_011170 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_011170 · OH-1004

内质网0.012

排名 5 · LXL04_011170 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st8-84 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC38-86 aa

PF00400.39WD408-36 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st8-84 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR59-86 aa

PF24814.2WD40_Prp199-80 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_219-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011170	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	8	84	1.9e-10	41.3
LXL04_011170	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	8	86	3.2e-08	33.7
LXL04_011170	`PF00400.39`	WD40	8	36	2.8e-07	31.5
LXL04_011170	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	8	84	6.1e-06	26.8
LXL04_011170	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	9	86	1.8e-09	38.0
LXL04_011170	`PF24814.2`	WD40_Prp19	9	80	6.5e-06	26.1
LXL04_011170	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	19	81	2.8e-08	34.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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