LXL04_011089 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011089

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 157734135-157737453 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2853 bp · LXL04_011089|LXL04_011089|OH1004|cDNA

ATGGGGAAACCCGACGTGGATTTTGAATTCCGGCGTCGATTTCTTCCGGTCTTCGTGTTTATCTGGGCTGTTTCAGTCATCAGCGTCCACTCGCAGTCGAGTTCTAACGATGCTGCTGTAATGCAGGCGTTAAAGAAAAATCTACAGCCACTGAGTTCACTCGACTGGTCCGACCCCAATCCATGCAACTGGGACAATGTCATATGTTCCAAAGACAACAGGGTCACCGGAATTCAAGTCGGACACCAGAATCTAAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2853 bp · LXL04_011089|LXL04_011089|OH1004|CDS

ATGGGGAAACCCGACGTGGATTTTGAATTCCGGCGTCGATTTCTTCCGGTCTTCGTGTTTATCTGGGCTGTTTCAGTCATCAGCGTCCACTCGCAGTCGAGTTCTAACGATGCTGCTGTAATGCAGGCGTTAAAGAAAAATCTACAGCCACTGAGTTCACTCGACTGGTCCGACCCCAATCCATGCAACTGGGACAATGTCATATGTTCCAAAGACAACAGGGTCACCGGAATTCAAGTCGGACACCAGAATCTAAAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

950 aa · LXL04_011089|LXL04_011089|OH1004|PROTEIN

MGKPDVDFEFRRRFLPVFVFIWAVSVISVHSQSSSNDAAVMQALKKNLQPLSSLDWSDPNPCNWDNVICSKDNRVTGIQVGHQNLKGVLPQTINNLTQLQILEFQQNQLTGPLPSLSGMTQLQNLLLNNNNFSSIPMDFFDGMSSLQNVYLDYNAFNAWSIPDQLKIASKLRIFSATSTNLTGKIPDFFGAGTFSGLITLRLASNSLEGGLPDSFSGSLIQSLWLNGQKSTSRLNGSIDVLQNMTQLTEVWLHSNSFSGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011089`
TK1151 ID	TkA02G105640
OH-1004 ID	LXL04_011089
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011089

位置 Chr02:157734135-157737453 (-)

描述 Similar to TMK1: Receptor protein kinase TMK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66150`	跨膜激酶受体。	The TMK1 gene from Arabidopsis codes for a protein with structural and biochemical characteristics of a receptor protein kinase.1992 · DOI: 10.1105/tpc.4.10.1263 Receptor-like kinase activity in membranes of Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1016/0014-5793(93)80676-l
`At2g01820`	参与生长素信号转导及细胞膨胀与增殖调控。	暂无已核实直接文献
`At1g24650`	参与生长素信号转导及细胞膨胀与增殖调控。	暂无已核实直接文献
`At3g23750`	参与生长素信号转导和细胞扩增增殖调节。	Identification of Arabidopsis BAK1-associating receptor-like kinase 1 (BARK1) and characterization of its gene expression and brassinosteroid-regulated root phenotypes.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0448000`	参与调控活性氧（ROS）稳态、叶绿体发育及叶片衰老的跨膜激酶受体。	WATER-SOAKED SPOT1 Controls Chloroplast Development and Leaf Senescence via Regulating Reactive Oxygen Species Homeostasis in Rice.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.918673

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011089 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:1900055 regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24650

ath:AT1G66150

ath:AT2G01820

ath:AT3G23750

dosa:Os11g0448000

osa:4350438

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.875

排名 1 · LXL04_011089 · OH-1004

内质网0.075

排名 2 · LXL04_011089 · OH-1004

细胞质0.075

排名 3 · LXL04_011089 · OH-1004

细胞核0.046

排名 4 · LXL04_011089 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_011089 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_235-70 aa

PF13855.13LRR_8121-157 aa

PF13855.13LRR_8247-303 aa

PF08263.18LRRNT_2337-373 aa

PF13855.13LRR_8394-436 aa

PF12799.14LRR_4400-441 aa

PF00069.32Pkinase604-879 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr606-876 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011089	`PF08263.18`	LRRNT_2	35	70	6.9e-12	46.2
LXL04_011089	`PF13855.13`	LRR_8	121	157	9.5e-21	74.1
LXL04_011089	`PF13855.13`	LRR_8	247	303	9.5e-21	74.1
LXL04_011089	`PF08263.18`	LRRNT_2	337	373	6.9e-12	46.2
LXL04_011089	`PF13855.13`	LRR_8	394	436	9.5e-21	74.1
LXL04_011089	`PF12799.14`	LRR_4	400	441	4.1e-15	56.2
LXL04_011089	`PF00069.32`	Pkinase	604	879	8.3e-47	160.5
LXL04_011089	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	606	876	1.5e-47	162.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43298`	拟南芥	Receptor protein kinase TMK1	59.807%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIT1`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK3	58.110%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FYK0`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK2	50.742%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LK43`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK4	43.717%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R560`	水稻	Receptor protein kinase WSS1	43.001%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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