LXL04_010785 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010785

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 153466280-153467505 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_010785|LXL04_010785|OH1004|cDNA

ATGGATGTCTGTACCAAAATCTTCTTCTATCTTCTCGTAATCCCTCTTTTCTCTTTAGCACAACCGAACAATTGCCCGCTTTCGTACTGTGGTCAGAACTTAAACAACGTCCGATTCCCTTTCCGCTTAATCGGCCAACAACCTCTGAACTGCGGGTTTCTAGGCTTCGATCTAAGATGTTCAAGACCCAGGACGATTCTCATCAATATCTCCAATTCCGGCGAGTTCGCCGTCAGGAGCATCAACTACCGGTCACAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · LXL04_010785|LXL04_010785|OH1004|CDS

ATGGATGTCTGTACCAAAATCTTCTTCTATCTTCTCGTAATCCCTCTTTTCTCTTTAGCACAACCGAACAATTGCCCGCTTTCGTACTGTGGTCAGAACTTAAACAACGTCCGATTCCCTTTCCGCTTAATCGGCCAACAACCTCTGAACTGCGGGTTTCTAGGCTTCGATCTAAGATGTTCAAGACCCAGGACGATTCTCATCAATATCTCCAATTCCGGCGAGTTCGCCGTCAGGAGCATCAACTACCGGTCACAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · LXL04_010785|LXL04_010785|OH1004|PROTEIN

MDVCTKIFFYLLVIPLFSLAQPNNCPLSYCGQNLNNVRFPFRLIGQQPLNCGFLGFDLRCSRPRTILINISNSGEFAVRSINYRSQAVRIYDRSNCLPARLLNIDFFNSPFTATNLQNHTLLRCPNDNTSFSSFTAIDCLSNSSYLTLAIASTNVVRSMTGNQTGCQIVGSVRLPVTGPSNQDAFASRIDDHVTLTWSTPDCEDCEAAGVPCGYANRTSTSETTCFYDYKGVPKPSHIFKIIAFAMAIPAMAASLMIACL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010785`
TK1151 ID	TkAUNG055590
OH-1004 ID	LXL04_010785
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010785

位置 Chr02:153466280-153467505 (-)

描述 Similar to ATL21A: Putative RING-H2 finger protein ATL21A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g46495`	推测RING-H2指蛋白 ATL21A。	暂无已核实直接文献
`At2g25410`	RING-H2 指蛋白 ATL22。	暂无已核实直接文献
`At2g46494`	推测RING-H2指蛋白 ATL21B。	暂无已核实直接文献
`At2g46493`	推测RING-H2指蛋白 ATL21C。	暂无已核实直接文献
`At1g28040`	RING-H2 指蛋白 ATL20。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010785 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28040

ath:AT2G25410

ath:AT2G46493

ath:AT2G46494

ath:AT2G46495

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.756

排名 1 · LXL04_010785 · OH-1004

内质网0.114

排名 2 · LXL04_010785 · OH-1004

细胞质0.096

排名 3 · LXL04_010785 · OH-1004

细胞核0.091

排名 4 · LXL04_010785 · OH-1004

溶酶体／液泡0.047

排名 5 · LXL04_010785 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13947.12GUB_WAK_bind25-92 aa

PF12678.14zf-rbx1327-371 aa

PF13639.13zf-RING_2329-371 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2329-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010785	`PF13947.12`	GUB_WAK_bind	25	92	1.6e-14	54.8
LXL04_010785	`PF12678.14`	zf-rbx1	327	371	1.3e-06	29.2
LXL04_010785	`PF13639.13`	zf-RING_2	329	371	8.3e-13	49.1
LXL04_010785	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	329	370	3.8e-06	27.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CH01`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21A	41.689%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SKK8`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL22	37.604%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0CH02`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21B	36.963%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0CH03`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL21C	34.375%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C7E9`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL20	37.742%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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