LXL04_010233 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010233

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 142632315-142635743 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2655 bp · LXL04_010233|LXL04_010233|OH1004|cDNA

ATGTTATCTACTTTCGGTTTATTCAGCTTCTTGAATTCACTTCTGGTGGAAACTTTAATCCAAAATTTATTTTTGGGGCAAATCTCCTTTGGCATATCGGGTGTCTCTTCCAGACCCCTTTTTATCGGGCAAATCTCCTTTTGGCAAAAACTATCTCCAGTTTCTTCGGAGATCCTATCAGTTCTCGTATCACAAGCGATGGACGTGTTTCTAAGTGATTTCGATAGCTACAGTGAAAGCAGTAGCTCTGATGATCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2655 bp · LXL04_010233|LXL04_010233|OH1004|CDS

ATGTTATCTACTTTCGGTTTATTCAGCTTCTTGAATTCACTTCTGGTGGAAACTTTAATCCAAAATTTATTTTTGGGGCAAATCTCCTTTGGCATATCGGGTGTCTCTTCCAGACCCCTTTTTATCGGGCAAATCTCCTTTTGGCAAAAACTATCTCCAGTTTCTTCGGAGATCCTATCAGTTCTCGTATCACAAGCGATGGACGTGTTTCTAAGTGATTTCGATAGCTACAGTGAAAGCAGTAGCTCTGATGATCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

884 aa · LXL04_010233|LXL04_010233|OH1004|PROTEIN

MLSTFGLFSFLNSLLVETLIQNLFLGQISFGISGVSSRPLFIGQISFWQKLSPVSSEILSVLVSQAMDVFLSDFDSYSESSSSDDQEDDEFMYSGQASCILSNLQETIGKIDDFLLFERRYVHGDIVCSVNDPSQMGKVINFEMVVELENLNEKKLKDINSKDLQRIRSISMGDYVISGPWVGKADNITDSVTVLFDDGTKCEFTKTDTDNLIPISPDLVDDSQYPFYPGQRVKLVNSARSNSTRWFCGSQTETHNEGTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010233`
TK1151 ID	TkA03G513180
OH-1004 ID	LXL04_010233
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.534 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010233

位置 Chr02:142632315-142635743 (-)

描述 Similar to UBC24: Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33770`	E2 泛素蛋白连接酶，介导 E1 依赖性蛋白泛素化。	PHO2-dependent degradation of PHO1 modulates phosphate homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.096636 Nitrogen limitation adaptation, a target of microRNA827, mediates degradation of plasma membrane-localized phosphate transporters to maintain phosphate homeostasis in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.116012 Identification of downstream components of ubiquitin-conjugating enzyme PHOSPHATE2 by quantitative membrane proteomics in Arabidopsis roots.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.115998 NITROGEN LIMITATION ADAPTATION recruits PHOSPHATE2 to target the phosphate transporter PT2 for degradation during the regulation of Arabidopsis phosphate homeostasis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.113.120311
`At2g16920`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献
`At1g53025`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献
`At3g15355`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献
`At1g53020`	接受 E1 复合物中的泛素并催化其与其他蛋白质的共价连接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010233 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006817 phosphate ion transport 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0055062 phosphate ion homeostasis 生物过程

GO:2000185 regulation of phosphate transmembrane transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016874 ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53025

ath:AT2G16920

ath:AT2G33770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.556

排名 1 · LXL04_010233 · OH-1004

细胞核0.388

排名 2 · LXL04_010233 · OH-1004

高尔基体0.086

排名 3 · LXL04_010233 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 4 · LXL04_010233 · OH-1004

内质网0.075

排名 5 · LXL04_010233 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23046.2tSH3-B_UBE2O173-302 aa

PF23043.2SH3-B_UBE2O361-423 aa

PF23044.2SH3-C_UBE2O424-487 aa

PF00179.32UQ_con643-774 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010233	`PF23046.2`	tSH3-B_UBE2O	173	302	2.1e-35	122.1
LXL04_010233	`PF23043.2`	SH3-B_UBE2O	361	423	1.7e-16	61.0
LXL04_010233	`PF23044.2`	SH3-C_UBE2O	424	487	3.5e-10	40.3
LXL04_010233	`PF00179.32`	UQ_con	643	774	4.2e-23	82.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VY10`	拟南芥	Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 24	47.019%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVX1`	拟南芥	Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 23	38.729%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GY87`	拟南芥	Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 26	52.381%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUQ5`	拟南芥	Probable ubiquitin-conjugating enzyme E2 25	53.441%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C918`	拟南芥	Putative ubiquitin-conjugating enzyme E2 38	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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