LXL04_009967 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009967

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 136890548-136892914 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

858 bp · LXL04_009967|LXL04_009967|OH1004|cDNA

ATGGGTGAAGAAGTAAGTTTCATTTCTATACATATCACTATACATATATACTTaaatttatgtcatttgaaggagaagaaagaagaagagaagaaggaagatgaaaaagaggaggagaagaagaaagaagaagaggtTCCTCAAGAAGTTGTGTTAAAGGTTGATATGCATTGTGGGGCTTGTGCTAGAAAAGTCGCAAGATCCTTGAGAGGATTCCAAGGTGTCGAAGAAGTAACCACGGATTGCAAAGCGAGTAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · LXL04_009967|LXL04_009967|OH1004|CDS

ATGGGTGAAGAAGTAAGTTTCATTTCTATACATATCACTATACATATATACTTAAATTTATGTCATTTGAAGGAGAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGGAAGATGAAAAAGAGGAGGAGAAGAAGAAAGAAGAAGAGGTTCCTCAAGAAGTTGTGTTAAAGGTTGATATGCATTGTGGGGCTTGTGCTAGAAAAGTCGCAAGATCCTTGAGAGGATTCCAAGGTGTCGAAGAAGTAACCACGGATTGCAAAGCGAGTAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · LXL04_009967|LXL04_009967|OH1004|PROTEIN

MGEEVSFISIHITIHIYLNLCHLKEKKEEEKKEDEKEEEKKKEEEVPQEVVLKVDMHCGACARKVARSLRGFQGVEEVTTDCKASKVVVKGKDLDPIKVSERIQKKSGRKVEIISPLPKPPESEPEKKQEPESLKDEKKPEPPAVITVVLKMSMHCDACAQGLQRRIRKIPGVESVKTDLANEQVVVTGVLEPEKFVNDVYKRTRKQASIVVKAEEKKEEEKKEEEKKKEEEGETKKEETVEIKNEEETNTETKKMEYWP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009967`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009967

位置 Chr02:136890548-136892914 (-)

描述 Similar to HIPP08: Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02960`	重金属结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g63530`	重金属结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g24580`	重金属结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g03380`	重金属结合蛋白。	Functional characterization of a heavy metal binding protein CdI19 from Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01412.x
`At5g60800`	重金属结合蛋白。	The zinc-binding nuclear protein HIPP3 acts as an upstream regulator of the salicylate-dependent plant immunity pathway and of flowering time in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/nph.13419

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009967 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0046914 transition metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02960

ath:AT5G03380

ath:AT5G24580

ath:AT5G60800

ath:AT5G63530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.590

排名 1 · LXL04_009967 · OH-1004

细胞膜0.308

排名 2 · LXL04_009967 · OH-1004

细胞核0.257

排名 3 · LXL04_009967 · OH-1004

内质网0.045

排名 4 · LXL04_009967 · OH-1004

线粒体0.040

排名 5 · LXL04_009967 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00403.33HMA52-105 aa

PF00403.33HMA153-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009967	`PF00403.33`	HMA	52	105	4.5e-25	88.5
LXL04_009967	`PF00403.33`	HMA	153	198	4.5e-25	88.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8T7`	拟南芥	Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 8	35.496%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5D3`	拟南芥	Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7	56.098%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLU5`	拟南芥	Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 9	39.053%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZF1`	拟南芥	Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 6	31.839%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJH5`	拟南芥	Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 3	31.597%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情