LXL04_009891 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009891

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 135482552-135484410 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

883 bp · LXL04_009891|LXL04_009891|OH1004|cDNA

TCTCTCCCAAAAGAAGTAGCAGATGACCTGGTGCAGCGATTGTAGCGACGCCCCTGGAGTTATCATCAAGAAACTTCCGTCATCTAACGATAATATCAGTGTCATGGATAATAAGAAGACCATGCCTTGCCCATCGTGTGGTCATCGAATCAACTGCTACGAGAAGGCTCGAATTCATGACCTTCCAGGGTTGCCAGCTGGAGTGAAGTTTGATCCAAGTGATCACGAACTACTTGAGCATCTGGAAGCAAAAGTGCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · LXL04_009891|LXL04_009891|OH1004|CDS

ATGACCTGGTGCAGCGATTGTAGCGACGCCCCTGGAGTTATCATCAAGAAACTTCCGTCATCTAACGATAATATCAGTGTCATGGATAATAAGAAGACCATGCCTTGCCCATCGTGTGGTCATCGAATCAACTGCTACGAGAAGGCTCGAATTCATGACCTTCCAGGGTTGCCAGCTGGAGTGAAGTTTGATCCAAGTGATCACGAACTACTTGAGCATCTGGAAGCAAAAGTGCGATTAGATGCACATAGGATCCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

286 aa · LXL04_009891|LXL04_009891|OH1004|PROTEIN

MTWCSDCSDAPGVIIKKLPSSNDNISVMDNKKTMPCPSCGHRINCYEKARIHDLPGLPAGVKFDPSDHELLEHLEAKVRLDAHRIHPLIDEFIPTVEGENGICYTHPEKLPGVSKDGLVRHFFHRPSKAYTTGTRKRRKVHSEIDGSETRWHKTGKTRPVLLKTKVKGYKKILVLYANYGKQKKPEKTNWVMHQYHLGNNEDEKEGELVVSKIFYQTQPRQCGSNVVKDNIITPLVKSNGRNVHEVTHGTDNTTFIEYFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009891`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009891

位置 Chr02:135482552-135484410 (+)

描述 Similar to NAC073: NAC domain-containing protein 73

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28500`	转录激活剂，在次生细胞壁纤维的发育中发挥调节作用。	A battery of transcription factors involved in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061325 SND2, a NAC transcription factor gene, regulates genes involved in secondary cell wall development in Arabidopsis fibres and increases fibre cell area in Eucalyptus.2011 · DOI: 10.1186/1471-2229-11-173
`At1g28470`	转录激活因子，在次生细胞壁纤维发育中起调控作用。	A battery of transcription factors involved in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061325
`At4g29230`	参与木质部形成的转录激活因子。	暂无已核实直接文献
`At1g25580`	转录因子，调控对伽马射线的转录激活反应。	Suppressor of gamma response 1 (SOG1) encodes a putative transcription factor governing multiple responses to DNA damage.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0810304106 A shared DNA-damage-response pathway for induction of stem-cell death by UVB and by gamma irradiation.2010 · DOI: 10.1016/j.dnarep.2010.06.006 Arabidopsis casein kinase 2 triggers stem cell exhaustion under Al toxicity and phosphate deficiency through activating the DNA damage response pathway.2021 · DOI: 10.1093/plcell/koab005
`At1g02230`	含NAC结构域的蛋白4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010321 regulation of vegetative phase change 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0040020 regulation of meiotic nuclear division 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:1905177 tracheary element differentiation 生物过程

GO:2000652 regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02230

ath:AT1G25580

ath:AT1G28470

ath:AT4G28500

ath:AT4G29230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960

排名 1 · LXL04_009891 · OH-1004

细胞质0.095

排名 2 · LXL04_009891 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_009891 · OH-1004

内质网0.025

排名 4 · LXL04_009891 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_009891 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365.21NAM58-197 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009891	`PF02365.21`	NAM	58	197	1.9e-25	90.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49459`	拟南芥	NAC domain-containing protein 73	71.739%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4HY61`	拟南芥	NAC domain-containing protein 10	60.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M0F8`	拟南芥	NAC domain-containing protein 75	71.795%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQK2`	拟南芥	SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1	53.636%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81913`	拟南芥	NAC domain-containing protein 4	35.616%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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