LXL04_009854 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009854

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 135000705-135011699 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6588 bp · LXL04_009854|LXL04_009854|OH1004|cDNA

ATGGATCGTGTCGACACAGTGAAAGAGTTGCCATTCCGGGTCGGATTCACGGGTCACAGCGGCCATATTCGAATCGAGCCACTACCTCCTGTTCAACAATCCAGCTCCGTCGATTCGTTACCGGAGTTTATACTCCCTCCTGCATTCGCCAGGGAAACACCAGAATCGATCAAAAAGTTTGTGGAGGATAAATATCTCCTCCCAAGATTGGATCCTGATGAGTTTTCTGCAGAAAAAGCTGGAAGACAGTGGGAGTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

6588 bp · LXL04_009854|LXL04_009854|OH1004|CDS

ATGGATCGTGTCGACACAGTGAAAGAGTTGCCATTCCGGGTCGGATTCACGGGTCACAGCGGCCATATTCGAATCGAGCCACTACCTCCTGTTCAACAATCCAGCTCCGTCGATTCGTTACCGGAGTTTATACTCCCTCCTGCATTCGCCAGGGAAACACCAGAATCGATCAAAAAGTTTGTGGAGGATAAATATCTCCTCCCAAGATTGGATCCTGATGAGTTTTCTGCAGAAAAAGCTGGAAGACAGTGGGAGTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2195 aa · LXL04_009854|LXL04_009854|OH1004|PROTEIN

MDRVDTVKELPFRVGFTGHSGHIRIEPLPPVQQSSSVDSLPEFILPPAFARETPESIKKFVEDKYLLPRLDPDEFSAEKAGRQWEFDWFDQAKIHLEPTMPRTVVVPAWELPFRRPQHSSDLQKWEPASIQVDVSELMVEAENSIGVRISGPPKDFVKGSINNRPFRPGGLDDSQSIGRSLPEGSCNGEWVREVLDGAPAQVIPPSCKEGMNLGDLKGHSCSWIIHEDKSVPKTTSETTLSVQFDDLFKKAWEEDVTEVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009854`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009854

位置 Chr02:135000705-135011699 (+)

描述 Similar to SKI2: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46960`	SKI复合物的组分，被认为参与RNA外切体（exosome）介导的RNA降解，并以依赖PAF1复合物（PAF1C）的方式与转录活跃的基因关联。	A DExD/H box RNA helicase is important for K+ deprivation responses and tolerance in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08147.x Context-dependent dual role of SKI8 homologs in mRNA synthesis and turnover.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002652

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0035864 response to potassium ion 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0070481 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46960

sce:YLR398C

spo:2538841

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.445

排名 1 · LXL04_009854 · OH-1004

细胞质0.373

排名 2 · LXL04_009854 · OH-1004

线粒体0.097

排名 3 · LXL04_009854 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 4 · LXL04_009854 · OH-1004

内质网0.064

排名 5 · LXL04_009854 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD368-515 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid904-973 aa

PF21408.3MTR4-like_stalk1693-1753 aa

PF13234.13MTR4_beta-barrel1760-1991 aa

PF08148.18DSHCT2017-2187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009854	`PF00270.36`	DEAD	368	515	4.9e-23	82.4
LXL04_009854	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	904	973	6.1e-06	27.2
LXL04_009854	`PF21408.3`	MTR4-like_stalk	1693	1753	2.3e-11	44.5
LXL04_009854	`PF13234.13`	MTR4_beta-barrel	1760	1991	1.2e-30	108.0
LXL04_009854	`PF08148.18`	DSHCT	2017	2187	4.7e-59	199.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JAA5`	拟南芥	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11	63.265%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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