LXL04_009789 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009789

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 133436642-133439076 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1119 bp · LXL04_009789|LXL04_009789|OH1004|cDNA

ATGGAAGCTTTGTGTGATCTCTGTAGTGTAGCGAGGGCAGTGGTTTATTGCAAATCGGATGCTGCAAAATTATGCGTCCAGTGCGACAACCGTGTGCACTCTGCTAATTCATTATCAAGCAGACACACTCGTTCCCTCCTCTGTGATAACTGTAACCTGCACCCGGCTGTCACCCACCGTCTGTTCGATAAAATGTTTCTGTGTCACGTTTGTGATCTGAATGAGAACCGATGCTCATCAGGGCAAGGACACAGCATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · LXL04_009789|LXL04_009789|OH1004|CDS

ATGGAAGCTTTGTGTGATCTCTGTAGTGTAGCGAGGGCAGTGGTTTATTGCAAATCGGATGCTGCAAAATTATGCGTCCAGTGCGACAACCGTGTGCACTCTGCTAATTCATTATCAAGCAGACACACTCGTTCCCTCCTCTGTGATAACTGTAACCTGCACCCGGCTGTCACCCACCGTCTGTTCGATAAAATGTTTCTGTGTCACGTTTGTGATCTGAATGAGAACCGATGCTCATCAGGGCAAGGACACAGCATTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · LXL04_009789|LXL04_009789|OH1004|PROTEIN

MEALCDLCSVARAVVYCKSDAAKLCVQCDNRVHSANSLSSRHTRSLLCDNCNLHPAVTHRLFDKMFLCHVCDLNENRCSSGQGHSIEELNAYSGCPSDEEFLNILSTIRGGGPTNDPQFHPISSLNLNDNIINDQNNEEQMGLVASHLNDLTSAVKFDPWIVDPSSIIPPPLTYLPSCDHKDPNPFFPNGPNLTKDGSNLNNLGLDEGEDLCENVDLGDVALGFEQDCTTFPVPQMAATANVMQAMSGGGGGGGMLMNPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009789`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009789

位置 Chr02:133436642-133439076 (+)

描述 Similar to COL11: Putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15250`	推定锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 11。	暂无已核实直接文献
`At3g21880`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 12。	暂无已核实直接文献
`At3g07650`	锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 9。	暂无已核实直接文献
`At5g48250`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 10。	暂无已核实直接文献
`At5g15850`	假定转录因子，可能参与昼夜节律钟的光输入，但不影响开花时间。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009789 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07650

ath:AT3G21880

ath:AT4G15250

ath:AT5G15850

ath:AT5G48250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · LXL04_009789 · OH-1004

细胞质0.224

排名 2 · LXL04_009789 · OH-1004

细胞膜0.046

排名 3 · LXL04_009789 · OH-1004

内质网0.037

排名 4 · LXL04_009789 · OH-1004

溶酶体／液泡0.017

排名 5 · LXL04_009789 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06203.20CCT316-358 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009789	`PF06203.20`	CCT	316	358	1.6e-17	64.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23379`	拟南芥	Putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11	39.842%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LJ44`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 12	39.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SSE5`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9	34.375%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUA9`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 10	32.432%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O50055`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 1	26.087%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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