LXL04_009781 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009781

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 133297825-133299009 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

483 bp · LXL04_009781|LXL04_009781|OH1004|cDNA

ATGGCTAACAAAGTAATCGGCGCGCTTGTGTGTCTTGTCATTATTGCATTGGATATAACTGCGGGTATTCTTGGGATCAGGGCTGAAGCAGCCCAAAACCAGGAGAAGCATTTGAGGTTGTGGTTGTTTGAATGCAAAGAACCAAGCCATGAAGCTTATAGGCTAGGGTTGGCTGCCATTGTGCTCTTGATTGCAGCCCATGCGTTAGCCAATTTGCTAAGTGGGTGCGCGGTTTGTAGCCATGATGAAGTCCAAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · LXL04_009781|LXL04_009781|OH1004|CDS

ATGGCTAACAAAGTAATCGGCGCGCTTGTGTGTCTTGTCATTATTGCATTGGATATAACTGCGGGTATTCTTGGGATCAGGGCTGAAGCAGCCCAAAACCAGGAGAAGCATTTGAGGTTGTGGTTGTTTGAATGCAAAGAACCAAGCCATGAAGCTTATAGGCTAGGGTTGGCTGCCATTGTGCTCTTGATTGCAGCCCATGCGTTAGCCAATTTGCTAAGTGGGTGCGCGGTTTGTAGCCATGATGAAGTCCAAAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

160 aa · LXL04_009781|LXL04_009781|OH1004|PROTEIN

MANKVIGALVCLVIIALDITAGILGIRAEAAQNQEKHLRLWLFECKEPSHEAYRLGLAAIVLLIAAHALANLLSGCAVCSHDEVQKASLGRQLSLLSLFFTWVILAVGLGMLVIGTKANSKSNASCGLSHHRFLSIGGILCFVHSLFSIAYYVTATASIH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009781`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009781

位置 Chr02:133297825-133299009 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32280`	与 OPS 一起是胚胎原脉管系统发育和子叶维管复杂性和连接性所必需的。	Members of the DEAL subfamily of the DUF1218 gene family are required for bilateral symmetry but not for dorsoventrality in Arabidopsis leaves.2018 · DOI: 10.1111/nph.14898
`At4g21310`	参与，与 VCC/DEAL1 和 DEAL3 部分冗余，以确保双边对称发育和早期叶缘图案，可能通过生长素和 CUC2 分布的调节。	Members of the DEAL subfamily of the DUF1218 gene family are required for bilateral symmetry but not for dorsoventrality in Arabidopsis leaves.2018 · DOI: 10.1111/nph.14898
`At1g11500`	参与确保双侧对称发育和早期叶缘图案形成，与VCC/DEAL1和DEAL2部分冗余，可能通过调控生长素和CUC2的分布。	Members of the DEAL subfamily of the DUF1218 gene family are required for bilateral symmetry but not for dorsoventrality in Arabidopsis leaves.2018 · DOI: 10.1111/nph.14898
`At1g05291`	蛋白 DESIGUAL 4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009855 determination of bilateral symmetry 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05291

ath:AT1G11500

ath:AT2G32280

ath:AT4G21310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.595

排名 1 · LXL04_009781 · OH-1004

溶酶体／液泡0.175

排名 2 · LXL04_009781 · OH-1004

细胞质0.135

排名 3 · LXL04_009781 · OH-1004

内质网0.134

排名 4 · LXL04_009781 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_009781 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06749.18DUF121859-146 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009781	`PF06749.18`	DUF1218	59	146	1.6e-18	67.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV57`	拟南芥	Protein VASCULATURE COMPLEXITY AND CONNECTIVITY	61.146%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81898`	拟南芥	Protein DESIGUAL 2	55.769%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2RVQ4`	拟南芥	Protein DESIGUAL 3	40.373%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23040`	拟南芥	Protein DESIGUAL 4	34.483%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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