LXL04_009510 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009510

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 127685557-127688500 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · LXL04_009510|LXL04_009510|OH1004|cDNA

ATGACACCTCACCCTCAGATAGACGATGATGACGATTTTGATGGTGATTTTCCTGGAGCCGACAACACCAGGCGCGCAGGCACTAAGAGGAGCTTTGGAGATCTtgatgatgaggaagatgaTATTTTTGGCTCCAAAAAGGCTAACACAAAAACAGAAGAAACTGCACCAGGTGTAGCAACTGGGATGATTTTATCACTGCGTGAGAGTCTCCAGAGCTGTAAGGATAATCTTGCAACATGCCAATCAGAGCTTGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_009510|LXL04_009510|OH1004|CDS

ATGACACCTCACCCTCAGATAGACGATGATGACGATTTTGATGGTGATTTTCCTGGAGCCGACAACACCAGGCGCGCAGGCACTAAGAGGAGCTTTGGAGATCTTGATGATGAGGAAGATGATATTTTTGGCTCCAAAAAGGCTAACACAAAAACAGAAGAAACTGCACCAGGTGTAGCAACTGGGATGATTTTATCACTGCGTGAGAGTCTCCAGAGCTGTAAGGATAATCTTGCAACATGCCAATCAGAGCTTGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_009510|LXL04_009510|OH1004|PROTEIN

MTPHPQIDDDDDFDGDFPGADNTRRAGTKRSFGDLDDEEDDIFGSKKANTKTEETAPGVATGMILSLRESLQSCKDNLATCQSELEATKSEIQKWHSAFQNESVITTEPTNAVSYLQNLKSSEELLRDQLEKAKKKEAAFIVTIAKREQEISDLKSAVRDLRSQLKPPSMQGRRLLLDPAIHEEFTRLKNLVEEKDKKVKELQDNIAAVNFTPQSKMGKMLMAKCRTLQEENEEIGNQAKEGKIHELSMKLALHKSQNLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009510`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009510

位置 Chr02:127685557-127688500 (-)

描述 Similar to FIP37: FKBP12-interacting protein of 37 kDa

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54170`	N6-甲基转移酶复合物的可能调节亚基，一种多蛋白复合物，介导一些 mRNA 5'-[AG]GAC-3' 共有位点的 N6-甲基腺苷甲基化。	The immunophilin-interacting protein AtFIP37 from Arabidopsis is essential for plant development and is involved in trichome endoreduplication.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.028050

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007530 sex determination 生物过程

GO:0007539 primary sex determination, soma 生物过程

GO:0007548 sex differentiation 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0019099 female germ-line sex determination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54170

dme:Dmel_CG6315

hsa:9589

mmu:60532

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.631

排名 1 · LXL04_009510 · OH-1004

细胞质0.355

排名 2 · LXL04_009510 · OH-1004

高尔基体0.031

排名 3 · LXL04_009510 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 4 · LXL04_009510 · OH-1004

线粒体0.030

排名 5 · LXL04_009510 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13870.12CCDC113_CCDC96_CC110-208 aa

PF17098.11Wtap132-286 aa

PF27954.1CCDC192232-311 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009510	`PF13870.12`	CCDC113_CCDC96_CC	110	208	2.9e-06	27.8
LXL04_009510	`PF17098.11`	Wtap	132	286	9.9e-56	188.7
LXL04_009510	`PF27954.1`	CCDC192	232	311	2.8e-06	27.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSZ8`	拟南芥	FKBP12-interacting protein of 37 kDa	70.423%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情