LXL04_009378 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009378

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 124514579-124516549 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1971 bp · LXL04_009378|LXL04_009378|OH1004|cDNA

ATGGCGGCCGTACCTTCCCCAAACCCTCCCGTCTCCACCAACCCTCCTTCCATCTCCCACCCATTTCAGCCTCGCACCACCTTCCGACCTCGATTTACCCTTCCCGTTGCTTCCAATCCTCAAAAACGCCACCGTCTCCACATCTCCAATGTCCTATCCGATTCAAAGCCGACCACCGCCTCAACCACTACCCGTTCTCCGCTGCCTGCGGAGCCTTTTGTCTCCCGCTACGCCCCTGACCAGCCCAGAAAAGGTTCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1971 bp · LXL04_009378|LXL04_009378|OH1004|CDS

ATGGCGGCCGTACCTTCCCCAAACCCTCCCGTCTCCACCAACCCTCCTTCCATCTCCCACCCATTTCAGCCTCGCACCACCTTCCGACCTCGATTTACCCTTCCCGTTGCTTCCAATCCTCAAAAACGCCACCGTCTCCACATCTCCAATGTCCTATCCGATTCAAAGCCGACCACCGCCTCAACCACTACCCGTTCTCCGCTGCCTGCGGAGCCTTTTGTCTCCCGCTACGCCCCTGACCAGCCCAGAAAAGGTTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

656 aa · LXL04_009378|LXL04_009378|OH1004|PROTEIN

MAAVPSPNPPVSTNPPSISHPFQPRTTFRPRFTLPVASNPQKRHRLHISNVLSDSKPTTASTTTRSPLPAEPFVSRYAPDQPRKGSDVLVEALEREGVTDVFAYPGGASMEIHQALTRSKTIRNVLPRHEQGGVFAAEGYARASGLPGVCIATSGPGATNLVSGLADALLDSVPIVAITGQVPRRMIGTDAFQETPIVEVTRSITKHNYLVLDVEDIPRVVREAFYLASSGRPGPVLIDVPKDIQQQLVVPKWDEPMRLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009378`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009378

位置 Chr02:124514579-124516549 (+)

描述 Similar to ALS SURA: Acetolactate synthase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48560`	催化丙酮酸形成乙酰乳酸，这是缬氨酸和异亮氨酸生物合成的第一步。	A Mutation Causing Imidazolinone Resistance Maps to the Csr1 Locus of Arabidopsis thaliana.1990 · DOI: 10.1104/pp.92.4.1081 Expression, purification and characterization of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase.1997 · DOI: 10.1042/bj3270161 Herbicide-resistant forms of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase: characterization of the catalytic properties and sensitivity to inhibitors of four defined mutants.1998 · DOI: 10.1042/bj3330765

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009097 isoleucine biosynthetic process 生物过程

GO:0009099 L-valine biosynthetic process 生物过程

GO:0009635 response to herbicide 生物过程

GO:0005948 acetolactate synthase complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0003984 acetolactate synthase activity 分子功能

GO:0030976 thiamine pyrophosphate binding 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48560

bna:106353715

bna:106353716

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.911

排名 1 · LXL04_009378 · OH-1004

线粒体0.095

排名 2 · LXL04_009378 · OH-1004

细胞质0.038

排名 3 · LXL04_009378 · OH-1004

过氧化物酶体0.028

排名 4 · LXL04_009378 · OH-1004

细胞核0.020

排名 5 · LXL04_009378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02776.24TPP_enzyme_N84-194 aa

PF00205.29TPP_enzyme_M275-408 aa

PF02775.27TPP_enzyme_C470-625 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009378	`PF02776.24`	TPP_enzyme_N	84	194	1.1e-36	125.9
LXL04_009378	`PF00205.29`	TPP_enzyme_M	275	408	6.9e-46	156.1
LXL04_009378	`PF02775.27`	TPP_enzyme_C	470	625	3.6e-51	173.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P17597`	拟南芥	Acetolactate synthase, chloroplastic	78.213%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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