LXL04_009213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 120555995-120558457 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1008 bp · LXL04_009213|LXL04_009213|OH1004|cDNA

ATGTCTCCGGCAACTACCCAAGTAATCTGTGTCACCGGCGCCGGCGGATTCATCGCCTCGTGGATGGTTAAATTGCTCTTGGAGAAAGGCTATATTGTCAGGGGAACCGTTAGGAATCCAGATGATCCAAAGAATAATCATTTGAGAGAGCTTGAAGGAGCGAAGGAGAGATTAACTCTATTCAAAGCCGATCTTCTCGATTTTGAAAGCTTACGTGAAGCCATTAACGGCTGTGATGGTGTTTTCCACACTGCTTCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1008 bp · LXL04_009213|LXL04_009213|OH1004|CDS

ATGTCTCCGGCAACTACCCAAGTAATCTGTGTCACCGGCGCCGGCGGATTCATCGCCTCGTGGATGGTTAAATTGCTCTTGGAGAAAGGCTATATTGTCAGGGGAACCGTTAGGAATCCAGATGATCCAAAGAATAATCATTTGAGAGAGCTTGAAGGAGCGAAGGAGAGATTAACTCTATTCAAAGCCGATCTTCTCGATTTTGAAAGCTTACGTGAAGCCATTAACGGCTGTGATGGTGTTTTCCACACTGCTTCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

335 aa · LXL04_009213|LXL04_009213|OH1004|PROTEIN

MSPATTQVICVTGAGGFIASWMVKLLLEKGYIVRGTVRNPDDPKNNHLRELEGAKERLTLFKADLLDFESLREAINGCDGVFHTASPVTDDPEQMVEPAVIGTKNIIVAAAEAKVRRVVFTSSIGAVYMDPNRSPDDVVDESCWSDLEFCKNTKNWYCYGKAVAEQAAWEEAKARGVDLVALNPVLVLGPLLQPTVNASIIHILKYLTGSAKTYANSVQAYVHVRDVALAHILLFETPSANGRYLCAESVLHRGEVVEIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009213

位置 Chr02:120555995-120558457 (+)

描述 Similar to CCR1: Cinnamoyl-CoA reductase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15950`	参与木质素生物合成的后期阶段。	Cloning and characterization of irregular xylem4 (irx4): a severely lignin-deficient mutant of Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01021.x Reassessment of effects on lignification and vascular development in the irx4 Arabidopsis mutant.2005 · DOI: 10.1016/j.phytochem.2004.12.016 Redirection of the phenylpropanoid pathway to feruloyl malate in Arabidopsis mutants deficient for cinnamoyl-CoA reductase 1.2008 · DOI: 10.1007/s00425-007-0669-x The simultaneous repression of CCR and CAD, two enzymes of the lignin biosynthetic pathway, results in sterility and dwarfism in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/mp/ssq045
`At1g80820`	肉桂酰辅酶A还原酶，可能参与与超敏反应相关的酚类化合物的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0042754 negative regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

GO:0016621 cinnamoyl-CoA reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15950

ath:AT1G80820

mtr:11424763

mtr:25487973

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.769

排名 1 · LXL04_009213 · OH-1004

细胞核0.248

排名 2 · LXL04_009213 · OH-1004

内质网0.079

排名 3 · LXL04_009213 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_009213 · OH-1004

线粒体0.058

排名 5 · LXL04_009213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA6-125 aa

PF01370.28Epimerase9-241 aa

PF02719.22Polysacc_synt_29-127 aa

PF01073.263Beta_HSD11-233 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd11-259 aa

PF07993.19NAD_binding_411-193 aa

PF13460.13NAD_binding_1013-132 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009213	`PF05368.20`	NmrA	6	125	2.6e-14	54.2
LXL04_009213	`PF01370.28`	Epimerase	9	241	2.9e-28	99.6
LXL04_009213	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	9	127	3.7e-07	30.4
LXL04_009213	`PF01073.26`	3Beta_HSD	11	233	5.3e-23	82.1
LXL04_009213	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	11	259	5.2e-15	56.4
LXL04_009213	`PF07993.19`	NAD_binding_4	11	193	3.1e-10	40.4
LXL04_009213	`PF13460.13`	NAD_binding_10	13	132	1.5e-18	68.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9N9`	拟南芥	Cinnamoyl-CoA reductase 1	80.126%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SAH9`	拟南芥	Cinnamoyl-CoA reductase 2	74.695%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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