LXL04_009189 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009189

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 119912209-119914744 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1677 bp · LXL04_009189|LXL04_009189|OH1004|cDNA

ATGCCGGCCCTAAAAGCAGGAAGCCGGCCGCCGTGGGTGGGTCTTGCAGCTGCCGTTTGGGTTCAGATCGCCTCCGGCAACGCCTACGCTTTCCCTCTTTACTCCCACAGTCTGAAACATGTATTGGGCCTTTCTCAGCAACAGCTTACGATTCTCGGCGTCGCTAACGATTTTGGGGAAAATGTCGGCATCCTTCCGGGCATTGCTTCTAACAAATACCCGCCGTGGGTTGTTCTTCTGATCGGCGTTCTTGCTTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1677 bp · LXL04_009189|LXL04_009189|OH1004|CDS

ATGCCGGCCCTAAAAGCAGGAAGCCGGCCGCCGTGGGTGGGTCTTGCAGCTGCCGTTTGGGTTCAGATCGCCTCCGGCAACGCCTACGCTTTCCCTCTTTACTCCCACAGTCTGAAACATGTATTGGGCCTTTCTCAGCAACAGCTTACGATTCTCGGCGTCGCTAACGATTTTGGGGAAAATGTCGGCATCCTTCCGGGCATTGCTTCTAACAAATACCCGCCGTGGGTTGTTCTTCTGATCGGCGTTCTTGCTTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

558 aa · LXL04_009189|LXL04_009189|OH1004|PROTEIN

MPALKAGSRPPWVGLAAAVWVQIASGNAYAFPLYSHSLKHVLGLSQQQLTILGVANDFGENVGILPGIASNKYPPWVVLLIGVLASFCGYGVIWLAVSETVHNVPYWVLWIALAVATNSSAWLGTAVLVTNMRNFPLSRGTVAGILKGYVGLSAAVVTEVYTMVLKGSASSLLLFFTLGIPIICLLLMYYIRQCTPSEADPSENAHFLFTQLASVVLAIFLLATTILKDVVDLSTAVSYTFIAVMVVLLMAPLAIPIKMT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009189`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009189

位置 Chr02:119912209-119914744 (-)

描述 Similar to NFD4: Protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31470`	雌配子体发育过程中核配所需的，此时两个极核融合形成二倍体中央细胞核。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009189 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000741 karyogamy 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0031669 cellular response to nutrient levels 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31470

ecj:JW3516

eco:b3547

ecoc:C3026_19230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.427

排名 1 · LXL04_009189 · OH-1004

细胞膜0.312

排名 2 · LXL04_009189 · OH-1004

内质网0.129

排名 3 · LXL04_009189 · OH-1004

细胞质0.120

排名 4 · LXL04_009189 · OH-1004

高尔基体0.105

排名 5 · LXL04_009189 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06813.20Nodulin-like11-257 aa

PF07690.22MFS_126-432 aa

PF23262.1NFD4_C339-541 aa

PF07690.22MFS_1410-535 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009189	`PF06813.20`	Nodulin-like	11	257	7.5e-88	295.0
LXL04_009189	`PF07690.22`	MFS_1	26	432	7.5e-13	48.8
LXL04_009189	`PF23262.1`	NFD4_C	339	541	4.1e-31	109.2
LXL04_009189	`PF07690.22`	MFS_1	410	535	7.5e-13	48.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I9E1`	拟南芥	Protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4	28.980%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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