LXL04_009147 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009147

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118583552-118586635 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1383 bp · LXL04_009147|LXL04_009147|OH1004|cDNA

ATGCCGTTAACCGTATCTGCCTCTCTGGTCTTCATCTCCTCCGAAAACCCTAGATATTTGTTTATTCTCTTTCAGTTCGACGAAAGAGGAGTTATCATGGGCGAAGTGAAGGATAACGACGCTTACGAGGAGGAGCTTCTCGATTATGAAGAGGAAGACGAAAAAGCCCCCGAGTCCATCAACGGAAAACCTGGTTCAGAGACCGTCAAAAAGGGCTATGTTGGAATTCACAGTTCCGGGTTCCGAGACTTCTTGCTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · LXL04_009147|LXL04_009147|OH1004|CDS

ATGCCGTTAACCGTATCTGCCTCTCTGGTCTTCATCTCCTCCGAAAACCCTAGATATTTGTTTATTCTCTTTCAGTTCGACGAAAGAGGAGTTATCATGGGCGAAGTGAAGGATAACGACGCTTACGAGGAGGAGCTTCTCGATTATGAAGAGGAAGACGAAAAAGCCCCCGAGTCCATCAACGGAAAACCTGGTTCAGAGACCGTCAAAAAGGGCTATGTTGGAATTCACAGTTCCGGGTTCCGAGACTTCTTGCTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · LXL04_009147|LXL04_009147|OH1004|PROTEIN

MPLTVSASLVFISSENPRYLFILFQFDERGVIMGEVKDNDAYEEELLDYEEEDEKAPESINGKPGSETVKKGYVGIHSSGFRDFLLKPELLRAIVDSGFEHPSEVQHECIPQAILGMDVICQAKSGMGKTAVFVLSTLQQIEPVAGQVAALVLCHTRELAYQICHEFERFSRYLPDLKVAVFYGGVNIRTHKELLKNECPHIVVGTPGRVLGLARDKDLGLKNVRHFILDECDKMLESLDMRKDVQDIFKMTPHDKQVMM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009147`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009147

位置 Chr02:118583552-118586635 (-)

描述 Similar to RH56: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 56

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11200`	参与前mRNA剪接的ATP依赖型RNA解旋酶。	暂无已核实直接文献
`At5g11170`	参与前mRNA剪接的ATP依赖型RNA解旋酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0549700`	参与前mRNA剪接的ATP结合RNA解旋酶。	Rice APOPTOSIS INHIBITOR5 coupled with two DEAD-box adenosine 5'-triphosphate-dependent RNA helicases regulates tapetum degeneration.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082636
`Os01g0550000`	参与前mRNA剪接的ATP结合RNA解旋酶。	Rice APOPTOSIS INHIBITOR5 coupled with two DEAD-box adenosine 5'-triphosphate-dependent RNA helicases regulates tapetum degeneration.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082636

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009147 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0048653 anther development 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:1904707 positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G11170

ath:AT5G11200

dosa:Os01g0549700

dosa:Os01g0550000

osa:4326192

osa:4326193

rno:114612

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · LXL04_009147 · OH-1004

细胞核0.493

排名 2 · LXL04_009147 · OH-1004

内质网0.059

排名 3 · LXL04_009147 · OH-1004

线粒体0.058

排名 4 · LXL04_009147 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 5 · LXL04_009147 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD104-269 aa

PF04851.22ResIII119-266 aa

PF00271.38Helicase_C308-416 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009147	`PF00270.36`	DEAD	104	269	2.1e-40	138.9
LXL04_009147	`PF04851.22`	ResIII	119	266	3.4e-07	31.0
LXL04_009147	`PF00271.38`	Helicase_C	308	416	4.1e-30	105.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFN6`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 56	92.056%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q56XG6`	拟南芥	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 15	92.056%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JM17`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 56	87.879%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JK84`	水稻	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 15	87.879%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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