LXL04_009139 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009139

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118531808-118533832 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1281 bp · LXL04_009139|LXL04_009139|OH1004|cDNA

ATGCCTAGGCCAGCTGCCGGAAAGCAAAGGAAATCGGCCAAGATCCTCTTCGTGTGCGTTGGCCTTCTGGGAGTAGCCCTTATTGCAGATCTACTATGggcttcttctacttcttcCTCTTCACGATCTTACAAATCCGCTTATGATTGGCCCCGGCCTAAAGCTTCTTCCGACTCCTTTCCCGTTCCTGTTTCCTCCAATCACTCTGCCAAGGTCGTAACTGATAAAGACAAAAAAGATGGTGTTCATGGAAGACTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1281 bp · LXL04_009139|LXL04_009139|OH1004|CDS

ATGCCTAGGCCAGCTGCCGGAAAGCAAAGGAAATCGGCCAAGATCCTCTTCGTGTGCGTTGGCCTTCTGGGAGTAGCCCTTATTGCAGATCTACTATGGGCTTCTTCTACTTCTTCCTCTTCACGATCTTACAAATCCGCTTATGATTGGCCCCGGCCTAAAGCTTCTTCCGACTCCTTTCCCGTTCCTGTTTCCTCCAATCACTCTGCCAAGGTCGTAACTGATAAAGACAAAAAAGATGGTGTTCATGGAAGACTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

426 aa · LXL04_009139|LXL04_009139|OH1004|PROTEIN

MPRPAAGKQRKSAKILFVCVGLLGVALIADLLWASSTSSSSRSYKSAYDWPRPKASSDSFPVPVSSNHSAKVVTDKDKKDGVHGRLLSKTFADLPAPDLKWEKMAESPVPRLDGAAIQIHDQLFVFAGYGTIDLVHSHVDIYNFTSNKWGGRFDMPKEMAHSHLGMVTDGRYIYIVTGQYGPQCRGPTAHTFILDTKTKTWKNMPPLPLPRYAPATQLWRGRLHVMGGSKEDRYTPAVDHWSLAVKDGKVLDSEWKTELP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009139`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009139

位置 Chr02:118531808-118533832 (-)

描述 Similar to At3g27220: Kelch repeat-containing protein At3g27220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27220`	含 Kelch 重复序列的蛋白 At3g27220。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009139 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009061 anaerobic respiration 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098813 nuclear chromosome segregation 生物过程

GO:0140014 mitotic nuclear division 生物过程

GO:1902410 mitotic cytokinetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27220

hsa:200942

hsa:55220

mmu:78267

rno:306589

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.490

排名 1 · LXL04_009139 · OH-1004

高尔基体0.210

排名 2 · LXL04_009139 · OH-1004

细胞质0.173

排名 3 · LXL04_009139 · OH-1004

细胞膜0.133

排名 4 · LXL04_009139 · OH-1004

细胞核0.104

排名 5 · LXL04_009139 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7100-205 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin101-283 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1115-287 aa

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7157-347 aa

PF25210.2Kelch_FKB95159-293 aa

PF01344.32Kelch_1162-208 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42165-286 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42267-377 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009139	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	100	205	9.7e-29	100.9
LXL04_009139	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	101	283	1.5e-12	47.9
LXL04_009139	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	115	287	6.4e-13	49.3
LXL04_009139	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	157	347	9.7e-29	100.9
LXL04_009139	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	159	293	2e-14	54.6
LXL04_009139	`PF01344.32`	Kelch_1	162	208	4e-16	58.9
LXL04_009139	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	165	286	1.9e-17	64.3
LXL04_009139	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	267	377	1.9e-17	64.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK31`	拟南芥	Kelch repeat-containing protein At3g27220	61.893%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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