LXL04_009136 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009136

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118521211-118522598 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

885 bp · LXL04_009136|LXL04_009136|OH1004|cDNA

ATGGACGACCTCCATGAAAACGAATCAGCAATGCAGATGGCAGACGACAATCCACCATACCATCCCCAACATTACATACAAGATCAAGAACACGAAGACTTACATCATTTAAGTAATGGAAACATGATTCACCATGATGAACAACAGGATAATGAAATTGGTGTTGGCCAAAACGATCCCATGGAAGATCCAGGAAACATGTCAGATAACCATAACACATTATTATCCCGTGGCACCATTGAAGATACAAACCAGCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

885 bp · LXL04_009136|LXL04_009136|OH1004|CDS

ATGGACGACCTCCATGAAAACGAATCAGCAATGCAGATGGCAGACGACAATCCACCATACCATCCCCAACATTACATACAAGATCAAGAACACGAAGACTTACATCATTTAAGTAATGGAAACATGATTCACCATGATGAACAACAGGATAATGAAATTGGTGTTGGCCAAAACGATCCCATGGAAGATCCAGGAAACATGTCAGATAACCATAACACATTATTATCCCGTGGCACCATTGAAGATACAAACCAGCTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

294 aa · LXL04_009136|LXL04_009136|OH1004|PROTEIN

MDDLHENESAMQMADDNPPYHPQHYIQDQEHEDLHHLSNGNMIHHDEQQDNEIGVGQNDPMEDPGNMSDNHNTLLSRGTIEDTNQLTLSFQGQVYVFDSVSPEKVQAVLLLLGGRETSSSMPYMSLTNHHQSNRDLATTQPRLNVPHRLASLMRFREKRKERNFEKKIRYTVRKEVALRMQRNKGQFTSSKPVNEDSATSWESNQGWQSDGSGSQHQETACRHCGTNEKSTPLMRRGPDGPRTLCNACGLMWANKGTLRD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009136`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009136

位置 Chr02:118521211-118522598 (-)

描述 Similar to GATA28: GATA transcription factor 28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g51600`	转录激活因子，特异性结合基因启动子内的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。	Characterization of Arabidopsis ZIM, a member of a novel plant-specific GATA factor gene family.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh078
`At3g21175`	转录激活因子，特异性结合基因启动子内的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。	Characterization of Arabidopsis ZIM, a member of a novel plant-specific GATA factor gene family.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh078

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0698900`	转录激活因子，特异性结合基因启动子内的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。	暂无已核实直接文献
`Os02g0148500`	转录激活因子，特异性结合基因启动子内的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XKR7`	转录激活因子，特异性结合基因启动子内的 5'-GATA-3' 或 5'-GAT-3' 基序。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009136 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51600

ath:AT3G21175

dosa:Os02g0148500

dosa:Os06g0698900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953

排名 1 · LXL04_009136 · OH-1004

细胞质0.136

排名 2 · LXL04_009136 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_009136 · OH-1004

内质网0.022

排名 4 · LXL04_009136 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_009136 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06200.20tify83-113 aa

PF06203.20CCT148-190 aa

PF09425.16Jas_motif148-170 aa

PF00320.34GATA221-257 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009136	`PF06200.20`	tify	83	113	3.6e-13	49.3
LXL04_009136	`PF06203.20`	CCT	148	190	3.4e-16	59.7
LXL04_009136	`PF09425.16`	Jas_motif	148	170	1.8e-07	31.5
LXL04_009136	`PF00320.34`	GATA	221	257	4.2e-14	52.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1G0`	拟南芥	GATA transcription factor 28	54.934%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GXL7`	拟南芥	GATA transcription factor 24	56.250%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z4U5`	水稻	GATA transcription factor 20	55.061%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z433`	水稻	GATA transcription factor 17	60.656%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2XKR7`	水稻	GATA transcription factor 18	53.810%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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