LXL04_009117 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009117

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118091871-118095396 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3288 bp · LXL04_009117|LXL04_009117|OH1004|cDNA

ATGCTCTCTGAACAGAATCGATTTCTAGTTCAAATATGGTTGCCGTTGACTGAAACCATTCCTTGTGGCATTTCAAAAGAAAACGATGATTATCTTGGGGAGAAACACGTGATAATTTGGGGTGATTTGACAGAAATTCGAACGTTACTGTCACTCTCAACCCACTGGAATTCTATTCCGCCATTATTATCAACCTGGAATTCTTCTGATGCAAATCCTTGTTCgtggtttggtgttctttgCGACGATAACAAGTCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3288 bp · LXL04_009117|LXL04_009117|OH1004|CDS

ATGCTCTCTGAACAGAATCGATTTCTAGTTCAAATATGGTTGCCGTTGACTGAAACCATTCCTTGTGGCATTTCAAAAGAAAACGATGATTATCTTGGGGAGAAACACGTGATAATTTGGGGTGATTTGACAGAAATTCGAACGTTACTGTCACTCTCAACCCACTGGAATTCTATTCCGCCATTATTATCAACCTGGAATTCTTCTGATGCAAATCCTTGTTCGTGGTTTGGTGTTCTTTGCGACGATAACAAGTCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1095 aa · LXL04_009117|LXL04_009117|OH1004|PROTEIN

MLSEQNRFLVQIWLPLTETIPCGISKENDDYLGEKHVIIWGDLTEIRTLLSLSTHWNSIPPLLSTWNSSDANPCSWFGVLCDDNKSVVSLHLSNSQISGEIGPEISRLTQLKFLNLSSNHLSGQIPSQIANCSRLQELDMSRNLLTGKIPNSFGNLRLKSLSLSDNLLNGSIPQSIFHIPNLEVLLLSFNQLTGLIPSNLGNATMLQRLHLDNNQFTGSLPDSLNNLDNLVFLDVHEGGVEGRIPFGNNGCKKLIYLDIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009117`
TK1151 ID	TkA03G399110
OH-1004 ID	LXL04_009117
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.663 / OH-1004 38.539 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009117

位置 Chr02:118091871-118095396 (-)

描述 Similar to INRPK1: Receptor-like protein kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73080`	充当 PEP 防御肽的受体。	The cell surface leucine-rich repeat receptor for AtPep1, an endogenous peptide elicitor in Arabidopsis, is functional in transgenic tobacco cells.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0603729103 BIK1 interacts with PEPRs to mediate ethylene-induced immunity.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1215543110
`At1g17750`	充当 PEP 防御肽的受体。	暂无已核实直接文献
`At5g63930`	可能是富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At5g63930。	暂无已核实直接文献
`At1g17230`	富含亮氨酸重复序列的受体样丝/苏氨酸蛋白激酶 At1g17230。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009117 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17230

ath:AT1G17750

ath:AT1G73080

ath:AT5G63930

ini:109187519

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.864

排名 1 · LXL04_009117 · OH-1004

内质网0.087

排名 2 · LXL04_009117 · OH-1004

细胞质0.063

排名 3 · LXL04_009117 · OH-1004

细胞核0.039

排名 4 · LXL04_009117 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_009117 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_244-82 aa

PF12799.14LRR_486-125 aa

PF23598.2LRR_14104-238 aa

PF12799.14LRR_4109-145 aa

PF13855.13LRR_8110-168 aa

PF13855.13LRR_8180-235 aa

PF23598.2LRR_14253-353 aa

PF13855.13LRR_8489-548 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009117	`PF08263.18`	LRRNT_2	44	82	3.7e-09	37.4
LXL04_009117	`PF12799.14`	LRR_4	86	125	1.1e-32	112.0
LXL04_009117	`PF23598.2`	LRR_14	104	238	6.6e-30	104.8
LXL04_009117	`PF12799.14`	LRR_4	109	145	1.1e-32	112.0
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	110	168	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	180	235	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF23598.2`	LRR_14	253	353	6.6e-30	104.8
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	489	548	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	570	621	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF23598.2`	LRR_14	584	683	6.6e-30	104.8
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	587	645	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF13855.13`	LRR_8	634	691	5.5e-38	129.2
LXL04_009117	`PF00069.32`	Pkinase	809	1081	1.3e-43	150.0
LXL04_009117	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	811	1083	4e-39	135.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSL9`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR1	47.708%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FZ59`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR2	47.974%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVP0`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g63930	38.534%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI2`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g17230	36.971%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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