LXL04_009008 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009008

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 115890399-115894465 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2970 bp · LXL04_009008|LXL04_009008|OH1004|cDNA

ATGGACGATCTGGAGAAGGCGATACTCATCATCTTCGATGAATCGGGGACAGTTACATCTGTATTGAAATCACAAGCAGTTGCATTCTGTCAACAAATCAAAGATAATCCATCAATCTGTCGTATATGTATTGAACGATTGTGCTTCTCGAAACTCGTTCAAGTTCAGTTTTGGTGTTTACAATGTTTGCATGAAGTTTTACGCTCTCGCTACTCCGGAATGAGCACAGACGAGAAATCCTTCGTTAGGACATCGGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2970 bp · LXL04_009008|LXL04_009008|OH1004|CDS

ATGGACGATCTGGAGAAGGCGATACTCATCATCTTCGATGAATCGGGGACAGTTACATCTGTATTGAAATCACAAGCAGTTGCATTCTGTCAACAAATCAAAGATAATCCATCAATCTGTCGTATATGTATTGAACGATTGTGCTTCTCGAAACTCGTTCAAGTTCAGTTTTGGTGTTTACAATGTTTGCATGAAGTTTTACGCTCTCGCTACTCCGGAATGAGCACAGACGAGAAATCCTTCGTTAGGACATCGGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

989 aa · LXL04_009008|LXL04_009008|OH1004|PROTEIN

MDDLEKAILIIFDESGTVTSVLKSQAVAFCQQIKDNPSICRICIERLCFSKLVQVQFWCLQCLHEVLRSRYSGMSTDEKSFVRTSVFSMACYETLDNSNSVKVLDGPPYVKNKLAQVLVTLIYFEYPSIWSSIFLDFLPNLSKGGVVIDMFCRVLNALDDELISQDYPRTPEQGAVSGKIKDAMRQQCVNQIVHAWYDIISLYKSTDSELCAFVLDTMRRYISWIEIALVANNTFLPLLFELMLVDGLPDQLRSAACGCV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009008`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009008

位置 Chr02:115890399-115894465 (-)

描述 Similar to PSD: Exportin-T

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72560`	可能的tRNA核出口受体，调节tRNA加工并促进tRNA跨核孔复合体转运。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0613300`	可能的tRNA核出口受体，调节tRNA加工并促进tRNA跨核孔复合体转运。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009008 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006409 tRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010014 meristem initiation 生物过程

GO:0071528 tRNA re-export from nucleus 生物过程

GO:0005643 nuclear pore 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0016363 nuclear matrix 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G72560

dosa:Os07g0613300

hsa:11260

pon:100172757

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.581

排名 1 · LXL04_009008 · OH-1004

细胞核0.577

排名 2 · LXL04_009008 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 3 · LXL04_009008 · OH-1004

溶酶体／液泡0.057

排名 4 · LXL04_009008 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_009008 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08389.19Xpo1107-260 aa

PF19282.6Exportin-T325-977 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009008	`PF08389.19`	Xpo1	107	260	8.6e-36	123.9
LXL04_009008	`PF19282.6`	Exportin-T	325	977	7.4e-91	306.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7PC79`	拟南芥	Exportin-T	72.194%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H3A7`	水稻	Exportin-T	51.251%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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