LXL04_008886 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008886

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 111114038-111117572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2502 bp · LXL04_008886|LXL04_008886|OH1004|cDNA

ATGGTTCCATCCATTTCCCTCGATTATAATAATCTCCTCTTCCTTCTTATActtctcctcctcctcctccagGCCCCACTATATCCGGCCACCGGCGGATCATGGTCGTTACTCCTTAAAAACGTTGGCATCTCCGCCATGCACATGCAACTACTCCCTAATGATCGTGTTGTAATATACGACCTCACTGACTTTGGGACCTCAAACATCTCACTTCCACACACCAAATGCCTTCCAAACTCAACTGACTGCACCGCCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2502 bp · LXL04_008886|LXL04_008886|OH1004|CDS

ATGGTTCCATCCATTTCCCTCGATTATAATAATCTCCTCTTCCTTCTTATACTTCTCCTCCTCCTCCTCCAGGCCCCACTATATCCGGCCACCGGCGGATCATGGTCGTTACTCCTTAAAAACGTTGGCATCTCCGCCATGCACATGCAACTACTCCCTAATGATCGTGTTGTAATATACGACCTCACTGACTTTGGGACCTCAAACATCTCACTTCCACACACCAAATGCCTTCCAAACTCAACTGACTGCACCGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

833 aa · LXL04_008886|LXL04_008886|OH1004|PROTEIN

MVPSISLDYNNLLFLLILLLLLLQAPLYPATGGSWSLLLKNVGISAMHMQLLPNDRVVIYDLTDFGTSNISLPHTKCLPNSTDCTAHSVECDITFNTVRPLSVLTNFWCSSGSLMADGRLVQTGGYNNGYRVVRVYESCDMLDNLDGSSCFRLWQEMTGNASPSTVREQGNITLQCPKLTETNYSSWSILVETVLRAHGLWKTVTGEDEDEKRNYTTKAIIYPTLSEDVLLQVAKYKNAEEVWESIRIRYLGTDRVQKAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008886`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008886

位置 Chr02:111114038-111117572 (+)

描述 Similar to GLOX1: Aldehyde oxidase GLOX1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67290`	催化醛的氧化生成相应的羧酸，同时将反应偶联至二氧化物还原成过氧化氢。	The MYB80 transcription factor is required for pollen development and the regulation of tapetal programmed cell death in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.082651

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008886 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004031 aldehyde oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.452

排名 1 · LXL04_008886 · OH-1004

内质网0.158

排名 2 · LXL04_008886 · OH-1004

溶酶体／液泡0.133

排名 3 · LXL04_008886 · OH-1004

细胞质0.098

排名 4 · LXL04_008886 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 5 · LXL04_008886 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07250.18Glyoxal_oxid_N47-141 aa

PF13961.13DUF4219179-204 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2191-350 aa

PF07250.18Glyoxal_oxid_N409-717 aa

PF09118.18GO-like_E_set726-831 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008886	`PF07250.18`	Glyoxal_oxid_N	47	141	5e-171	569.3
LXL04_008886	`PF13961.13`	DUF4219	179	204	6.7e-07	29.6
LXL04_008886	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	191	350	1.7e-23	84.0
LXL04_008886	`PF07250.18`	Glyoxal_oxid_N	409	717	5e-171	569.3
LXL04_008886	`PF09118.18`	GO-like_E_set	726	831	4.6e-26	91.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FYG4`	拟南芥	Aldehyde oxidase GLOX1	44.366%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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