LXL04_008866 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008866

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 110715824-110727667 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3534 bp · LXL04_008866|LXL04_008866|OH1004|cDNA

ATGCGGGTGAGAgagagtgatgtggagaagacaGCGTTCCGTACACGCTATGGGCACTTcgagtttgtggtgatgccgtttggGCTCACCAACGCACCCGCTGcgttcatggatctcatgaaccgggtgtgcagccctatgctagatcgatcggtgatcgtgttcattgacGACATTCTTGTCTACTCTAAGactAATATTGTTTACCTTGTATCATATCGTAATCAACCAAAAATCGTATGGTATTCATCCGCAAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3534 bp · LXL04_008866|LXL04_008866|OH1004|CDS

ATGCGGGTGAGAGAGAGTGATGTGGAGAAGACAGCGTTCCGTACACGCTATGGGCACTTCGAGTTTGTGGTGATGCCGTTTGGGCTCACCAACGCACCCGCTGCGTTCATGGATCTCATGAACCGGGTGTGCAGCCCTATGCTAGATCGATCGGTGATCGTGTTCATTGACGACATTCTTGTCTACTCTAAGACTAATATTGTTTACCTTGTATCATATCGTAATCAACCAAAAATCGTATGGTATTCATCCGCAAACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1177 aa · LXL04_008866|LXL04_008866|OH1004|PROTEIN

MRVRESDVEKTAFRTRYGHFEFVVMPFGLTNAPAAFMDLMNRVCSPMLDRSVIVFIDDILVYSKTNIVYLVSYRNQPKIVWYSSANHIASNRLLGRCFILHPNPRENPVRYLCVWPAKCTKWFMTLTRNTNSGSPLSLLRLCDVQVQRDVVLGIGTNGVVSPPIPRDVCTGHDRRTITTPTKEEHGIHLREVLEPLRQGKFYAKFSKCEFWLREVQFLGHVVNEKGIMVDPAKISVVMQWELAAFEELRGRLCRAPVLTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008866`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008866

位置 Chr02:110715824-110727667 (+)

描述 Similar to FRS5: Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At1g52520`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	Arabidopsis FHY3/FAR1 gene family and distinct roles of its members in light control of Arabidopsis development.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.052191
`At1g76320`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At2g27110`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008866 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52520

ath:AT1G76320

ath:AT2G27110

ath:AT4G15090

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.680

排名 1 · LXL04_008866 · OH-1004

细胞质0.319

排名 2 · LXL04_008866 · OH-1004

线粒体0.043

排名 3 · LXL04_008866 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 4 · LXL04_008866 · OH-1004

内质网0.024

排名 5 · LXL04_008866 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078.33RVT_13-65 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2243-286 aa

PF24626.2SH3_Tf2-1389-433 aa

PF03101.22FAR1617-683 aa

PF21056.4ZSWIM1-3_RNaseH-like744-853 aa

PF10551.16MULE771-863 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008866	`PF00078.33`	RVT_1	3	65	1.7e-15	58.1
LXL04_008866	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	243	286	1.2e-08	35.6
LXL04_008866	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	389	433	3.4e-18	66.2
LXL04_008866	`PF03101.22`	FAR1	617	683	3.1e-06	28.5
LXL04_008866	`PF21056.4`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	744	853	2.6e-07	31.3
LXL04_008866	`PF10551.16`	MULE	771	863	2.9e-27	95.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZL8`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	30.395%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SSQ4`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 6	25.979%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQJ7`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4	27.187%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZVC9`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 3	26.243%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SWG3`	拟南芥	Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	25.501%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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