LXL04_008854 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008854

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 110474942-110475931 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · LXL04_008854|LXL04_008854|OH1004|cDNA

ATGGCAACAGAAGGAGTTGTTATCGGCTGCCACACCGTCGACCAATGGGAGGAGCAGTTTCAGAAGCACGTCGATTCTGAGAAATTGGTAGTTGTGGATTTCACAGCCACATGGTGTGGTCCTTGCCGTGTGATTGCACCAATTTATGCTGAATTAGCTAAAAAGATGCCCCATGTCACCTTCCTCAAGGTCGATGTTGATGAACTTGAGAGCATTGCTCAGAAGTACTCGGTGGAGGCAATGCCAACATTCTTGTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_008854|LXL04_008854|OH1004|CDS

ATGGCAACAGAAGGAGTTGTTATCGGCTGCCACACCGTCGACCAATGGGAGGAGCAGTTTCAGAAGCACGTCGATTCTGAGAAATTGGTAGTTGTGGATTTCACAGCCACATGGTGTGGTCCTTGCCGTGTGATTGCACCAATTTATGCTGAATTAGCTAAAAAGATGCCCCATGTCACCTTCCTCAAGGTCGATGTTGATGAACTTGAGAGCATTGCTCAGAAGTACTCGGTGGAGGCAATGCCAACATTCTTGTTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_008854|LXL04_008854|OH1004|PROTEIN

MATEGVVIGCHTVDQWEEQFQKHVDSEKLVVVDFTATWCGPCRVIAPIYAELAKKMPHVTFLKVDVDELESIAQKYSVEAMPTFLFFKKGEIVDKVVGAKKDDLHACVAKHEGGVSVSA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008854`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008854

位置 Chr02:110474942-110475931 (+)

描述 Similar to Thioredoxin H-type 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51030`	硫醇-二硫氧化还原酶，参与多种胞质酶的氧化还原调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YIW7`	通过活性中心二硫醇可逆氧化成二硫键，参与各种氧化还原反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0043085 positive regulation of catalytic activity 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004857 enzyme inhibitor activity 分子功能

GO:0008047 enzyme activator activity 分子功能

GO:0015035 protein-disulfide reductase activity 分子功能

GO:0016671 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G51030

nta:107762104

rcu:8266412

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.712

排名 1 · LXL04_008854 · OH-1004

细胞核0.338

排名 2 · LXL04_008854 · OH-1004

线粒体0.134

排名 3 · LXL04_008854 · OH-1004

细胞膜0.102

排名 4 · LXL04_008854 · OH-1004

内质网0.101

排名 5 · LXL04_008854 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085.27Thioredoxin17-109 aa

PF13098.14Thioredoxin_220-101 aa

PF14595.13Thioredoxin_925-90 aa

PF13905.13Thioredoxin_828-72 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008854	`PF00085.27`	Thioredoxin	17	109	1e-31	109.7
LXL04_008854	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	20	101	8.6e-08	33.2
LXL04_008854	`PF14595.13`	Thioredoxin_9	25	90	3.7e-06	27.5
LXL04_008854	`PF13905.13`	Thioredoxin_8	28	72	5.7e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P29448`	拟南芥	Thioredoxin H1	64.815%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2YIW7`	水稻	Thioredoxin H-type	59.322%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情