LXL04_008822 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008822

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 109744573-109750028 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4899 bp · LXL04_008822|LXL04_008822|OH1004|cDNA

ATGGAATGTGATGATAACAAACCCGGATCAAGTGAAGGATTGCTTGAAACTGGGATAGGGTTTGATGCAAATTCTGCTGTTAGCAAAACTAGGGTTGAGAAGTCGGATATGGAAAATTTGGGGAAAAATAAGAGATCTTCCGAAATCAAATCTGGATTTGAGTCTGATGATGACGAGCCGATTGGTTCTATGTTTCAGATTAAAAACAGAAGGAACCCTAAGAAGGTTAAGGTTGAAAATGATGTGTCTGAAGATCTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4899 bp · LXL04_008822|LXL04_008822|OH1004|CDS

ATGGAATGTGATGATAACAAACCCGGATCAAGTGAAGGATTGCTTGAAACTGGGATAGGGTTTGATGCAAATTCTGCTGTTAGCAAAACTAGGGTTGAGAAGTCGGATATGGAAAATTTGGGGAAAAATAAGAGATCTTCCGAAATCAAATCTGGATTTGAGTCTGATGATGACGAGCCGATTGGTTCTATGTTTCAGATTAAAAACAGAAGGAACCCTAAGAAGGTTAAGGTTGAAAATGATGTGTCTGAAGATCTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1632 aa · LXL04_008822|LXL04_008822|OH1004|PROTEIN

MECDDNKPGSSEGLLETGIGFDANSAVSKTRVEKSDMENLGKNKRSSEIKSGFESDDDEPIGSMFQIKNRRNPKKVKVENDVSEDLELGGMNDTLATFRKKIKGPKVSRANATKGKDLNTDIKEPLNQSSIGAVNNADLASKSVPNTMTKQQIVSEDAIIVTKGSKNNSKEKIKRSKSKSTKKKGSGGTKSDENLTENCLDDHLEDSLSVLLQKARKNSKLKQLKSTEPHKDAVDQNPNDSVHEPNTIPALSVEKSQNDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008822`
TK1151 ID	TkA03G329140
OH-1004 ID	LXL04_008822
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 39.583 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008822

位置 Chr02:109744573-109750028 (+)

描述 Similar to LDL3: Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: F4JLS1`	可能的组蛋白去甲基化酶，可降低染色质中组蛋白H3“赖氨酸-4”甲基化水平。	暂无已核实直接文献
`At3g10390`	可能的组蛋白去甲基化酶，通过抑制花控基因 C (FLC)，一种阻止植物由营养生长转向生殖生长的花抑制因子，促进开花，独立于光周期和春化途径。	暂无已核实直接文献
`At1g62830`	可能的组蛋白去甲基化酶，可降低花抑制因子 FLOWERING LOCUS C 和孢子体沉默的花抑制因子 FWA 染色质中组蛋白 H3 'Lys-4' 甲基化水平。	Arabidopsis relatives of the human lysine-specific Demethylase1 repress the expression of FWA and FLOWERING LOCUS C and thus promote the floral transition.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052373 Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108 Arabidopsis histone demethylases LDL1 and LDL2 control primary seed dormancy by regulating DELAY OF GERMINATION 1 and ABA signaling-related genes.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.00159

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0755200`	可能的组蛋白去甲基化酶。	暂无已核实直接文献
`Os08g0143400`	可能的组蛋白去甲基化酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008822 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程

GO:1904629 response to diterpene 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62830

ath:AT3G10390

ath:AT4G16310

dosa:Os02g0755200

dosa:Os08g0143400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.844

排名 1 · LXL04_008822 · OH-1004

细胞质0.144

排名 2 · LXL04_008822 · OH-1004

细胞膜0.084

排名 3 · LXL04_008822 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_008822 · OH-1004

高尔基体0.021

排名 5 · LXL04_008822 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04433.24SWIRM488-558 aa

PF07992.21Pyr_redox_2649-698 aa

PF01266.31DAO659-693 aa

PF03486.21HI0933_like659-696 aa

PF12831.14FAD_oxidored660-696 aa

PF13450.13NAD_binding_8662-718 aa

PF01593.31Amino_oxidase668-1110 aa

PF23030.2SCAF11-like_C1546-1597 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008822	`PF04433.24`	SWIRM	488	558	3.6e-15	56.7
LXL04_008822	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	649	698	2.3e-10	41.1
LXL04_008822	`PF01266.31`	DAO	659	693	1.2e-06	29.1
LXL04_008822	`PF03486.21`	HI0933_like	659	696	2.1e-06	28.1
LXL04_008822	`PF12831.14`	FAD_oxidored	660	696	4.8e-06	26.8
LXL04_008822	`PF13450.13`	NAD_binding_8	662	718	4.7e-14	53.1
LXL04_008822	`PF01593.31`	Amino_oxidase	668	1110	6.2e-89	300.0
LXL04_008822	`PF23030.2`	SCAF11-like_C	1546	1597	2.8e-07	31.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JLS1`	拟南芥	Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 3	53.532%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAE3`	拟南芥	Protein FLOWERING LOCUS D	40.481%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VXV7`	拟南芥	Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 1	39.871%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z690`	水稻	Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 1	39.911%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YYZ1`	水稻	Lysine-specific histone demethylase 1 homolog 2	39.002%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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