LXL04_008713 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008713

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106621110-106623739 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1653 bp · LXL04_008713|LXL04_008713|OH1004|cDNA

ATGATGAGGTGGGAGAAATTGGAGATACAAAGAGGAGGGCCGGGGAAGAGATGGGGCCATACGTGCAACGCGGTTCGTGGTGGTCAGCTGCTCTACATCTTCGGTGGTTACGGCGAAGACAACGCCCAGACTAATAAAGTTCACGTCTACGACACCACTGCAAGGACATGGAGTGAACCTGATATGCAAGGCACACTACCTGTTCCCAGAGACAGCCACAGCTGCACCACTGTAGGAGACAAGTTGTTTGTATTTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1653 bp · LXL04_008713|LXL04_008713|OH1004|CDS

ATGATGAGGTGGGAGAAATTGGAGATACAAAGAGGAGGGCCGGGGAAGAGATGGGGCCATACGTGCAACGCGGTTCGTGGTGGTCAGCTGCTCTACATCTTCGGTGGTTACGGCGAAGACAACGCCCAGACTAATAAAGTTCACGTCTACGACACCACTGCAAGGACATGGAGTGAACCTGATATGCAAGGCACACTACCTGTTCCCAGAGACAGCCACAGCTGCACCACTGTAGGAGACAAGTTGTTTGTATTTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

550 aa · LXL04_008713|LXL04_008713|OH1004|PROTEIN

MMRWEKLEIQRGGPGKRWGHTCNAVRGGQLLYIFGGYGEDNAQTNKVHVYDTTARTWSEPDMQGTLPVPRDSHSCTTVGDKLFVFGGTDGNIPLKDLHILDTTTNTWMTPYVRGEGPEPREGHSAALIGKRLFIFGGCGKSFDTPVEEYFDDLYILNTETMVWKRVATTGIPPAKRNSHTCVSWKNKIIVIGGEDTQNYYMSDVQMLDTDTLSWTKLVTNGELLPPRAGHTTIALGKNLFVFGGFTDAEDLYDDLYMFDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008713`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_008713`
位置	Chr02:106621110-106623739 (-)
描述	Similar to Klhdc3: Kelch domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008713` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程 GO:0140627 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0031462 Cul2-RING ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:0003682 chromatin binding 分子功能 GO:1990756 ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	mmu:71765 rno:363192 xla:447194 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.526

排名 1 · LXL04_008713 · OH-1004

细胞质0.452

排名 2 · LXL04_008713 · OH-1004

细胞膜0.092

排名 3 · LXL04_008713 · OH-1004

内质网0.057

排名 4 · LXL04_008713 · OH-1004

溶酶体／液泡0.048

排名 5 · LXL04_008713 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC72-193 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR13-80 aa

PF13854.13Kelch_HCF3-246 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX424-107 aa

PF24996.1NANM21-92 aa

PF01344.32Kelch_122-59 aa

PF07646.22Kelch_222-59 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR131-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008713	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	2	193	6.5e-102	340.2
LXL04_008713	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	3	80	4.1e-56	191.1
LXL04_008713	`PF13854.13`	Kelch_HCF	3	246	1.9e-38	133.4
LXL04_008713	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	4	107	1.3e-66	224.9
LXL04_008713	`PF24996.1`	NANM	21	92	3.8e-23	82.6
LXL04_008713	`PF01344.32`	Kelch_1	22	59	6.8e-46	154.1
LXL04_008713	`PF07646.22`	Kelch_2	22	59	1.3e-31	107.6
LXL04_008713	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	31	108	4.1e-56	191.1
LXL04_008713	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	67	167	6e-19	69.4
LXL04_008713	`PF01344.32`	Kelch_1	69	108	6.8e-46	154.1
LXL04_008713	`PF07646.22`	Kelch_2	69	107	1.3e-31	107.6
LXL04_008713	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	82	304	4.1e-56	191.1
LXL04_008713	`PF24996.1`	NANM	116	218	3.8e-23	82.6
LXL04_008713	`PF01344.32`	Kelch_1	119	168	6.8e-46	154.1
LXL04_008713	`PF07646.22`	Kelch_2	119	167	1.3e-31	107.6
LXL04_008713	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	122	313	6.5e-102	340.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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