LXL04_008702 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008702

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106450307-106451470 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1164 bp · LXL04_008702|LXL04_008702|OH1004|cDNA

ATGGACCAAAATCAAAGGCCGACAGGCATTCTTCATTCTTTAGGCGAAGAAATCATCAGAATCATAACCCCTGTTTCAATCTGCATGTTCTTAGTGATCATTTTAGTCTCTATATTGGACTCCGACTCATCAAGCTCTCCTTCTTTCACCACCATAGCCACCATAGCTTACGACGAAAGCACATCTGATACCGAATGGGACAAATTCGTAGGCGCCCTATTGAACTCCCTTGTATTCGTTGCTGTTGTCACTGTCGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1164 bp · LXL04_008702|LXL04_008702|OH1004|CDS

ATGGACCAAAATCAAAGGCCGACAGGCATTCTTCATTCTTTAGGCGAAGAAATCATCAGAATCATAACCCCTGTTTCAATCTGCATGTTCTTAGTGATCATTTTAGTCTCTATATTGGACTCCGACTCATCAAGCTCTCCTTCTTTCACCACCATAGCCACCATAGCTTACGACGAAAGCACATCTGATACCGAATGGGACAAATTCGTAGGCGCCCTATTGAACTCCCTTGTATTCGTTGCTGTTGTCACTGTCGTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

387 aa · LXL04_008702|LXL04_008702|OH1004|PROTEIN

MDQNQRPTGILHSLGEEIIRIITPVSICMFLVIILVSILDSDSSSSPSFTTIATIAYDESTSDTEWDKFVGALLNSLVFVAVVTVVTFLLVLLFYFRCTGFLKYYMGFSAFLVLGFMGGEIALFLIQVFHIAIDCITYVLLLFNFTIVGVLAVFMSKIPIFLTQSYMVIIGVLTAYWFTMLPEWTTWVLLVAMALYDLAAVLLPVGPLRLLVELAISRDEDIPALVYEARPIIDHGNSTIVQRRVWREAGNSESQIESSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008702`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008702

位置 Chr02:106450307-106451470 (+)

描述 Similar to At2g29900: Presenilin-like protein At2g29900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29900`	可能是 γ-分泌酶复合体的亚基，这是一种内切酶复合体，可催化整合膜蛋白（如 Notch 受体）的膜内切割。	暂无已核实直接文献
`At1g08700`	可能是 γ-分泌酶复合体的亚基，这是一种内切酶复合体，可催化整合膜蛋白（如 Notch 受体）的膜内切割。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008702 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001921 positive regulation of receptor recycling 生物过程

GO:0006509 membrane protein ectodomain proteolysis 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0007219 Notch signaling pathway 生物过程

GO:0007220 Notch receptor processing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016485 protein processing 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08700

ath:AT2G29900

cfa:403408

hsa:5663

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.359

排名 1 · LXL04_008702 · OH-1004

内质网0.332

排名 2 · LXL04_008702 · OH-1004

溶酶体／液泡0.225

排名 3 · LXL04_008702 · OH-1004

细胞质0.186

排名 4 · LXL04_008702 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 5 · LXL04_008702 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01080.23Presenilin14-265 aa

PF01080.23Presenilin253-377 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008702	`PF01080.23`	Presenilin	14	265	1.6e-117	393.5
LXL04_008702	`PF01080.23`	Presenilin	253	377	1.6e-117	393.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SIK7`	拟南芥	Presenilin-like protein At2g29900	66.332%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O64668`	拟南芥	Presenilin-like protein At1g08700	48.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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