LXL04_008678 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008678

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 106066161-106069234 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1629 bp · LXL04_008678|LXL04_008678|OH1004|cDNA

ATGGAGTTTTGCACTTCATTGTTTCTGTTTCTAGCCTCAATTTCTGTAATTTTGGCACAAAATGCGGAAGAGGGACATCTAGTGATCAATGGGACTTTACCAATGGCTCATACAGATGCAAATTACATTTGTGCTACTATTGATTGGTGGCCAAGTAACAAGTGTGATTACCACCAATGTCCATGGGGATCTTCATCTGCTTTAAATCTGGATTTATCTCATCCTTTTCTATCCAAAGCGGTTCAAGCTTTCAAGCGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1629 bp · LXL04_008678|LXL04_008678|OH1004|CDS

ATGGAGTTTTGCACTTCATTGTTTCTGTTTCTAGCCTCAATTTCTGTAATTTTGGCACAAAATGCGGAAGAGGGACATCTAGTGATCAATGGGACTTTACCAATGGCTCATACAGATGCAAATTACATTTGTGCTACTATTGATTGGTGGCCAAGTAACAAGTGTGATTACCACCAATGTCCATGGGGATCTTCATCTGCTTTAAATCTGGATTTATCTCATCCTTTTCTATCCAAAGCGGTTCAAGCTTTCAAGCGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

542 aa · LXL04_008678|LXL04_008678|OH1004|PROTEIN

MEFCTSLFLFLASISVILAQNAEEGHLVINGTLPMAHTDANYICATIDWWPSNKCDYHQCPWGSSSALNLDLSHPFLSKAVQAFKRMRIRVGGSLQDQVLYNIGNYTGPCHPFTKMKGGLFGFSKGCLNMSRWDELNQFFNKTRALVTFGLNALHGRHQIKKGVWGGDWNYNNARDFIKYTVSKGYQIDSWEYGNELSGKGIGAKVDAEQYASDLIELRGIIDNSYRKFRPKSLLVAPGGFFDKQWFSKMLQVSGSEIVN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008678`
TK1151 ID	TkA03G345220
OH-1004 ID	LXL04_008678
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 59.410 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008678

位置 Chr02:106066161-106069234 (+)

描述 Similar to At5g07830: Heparanase-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07830`	端糖苷酶，是一种参与细胞表面及细胞外基质降解的酶。	暂无已核实直接文献
`At5g61250`	端糖苷酶，是一种参与细胞表面及细胞外基质降解的酶。	暂无已核实直接文献
`At5g34940`	端糖苷酶，是一种参与细胞表面及细胞外基质降解的酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006029 proteoglycan metabolic process 生物过程

GO:0007160 cell-matrix adhesion 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010575 positive regulation of vascular endothelial growth factor production 生物过程

GO:0030200 heparan sulfate proteoglycan catabolic process 生物过程

GO:0030202 heparin proteoglycan metabolic process 生物过程

GO:0033690 positive regulation of osteoblast proliferation 生物过程

GO:0046677 response to antibiotic 生物过程

GO:0051897 positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction 生物过程

GO:0071806 protein transmembrane transport 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:BAA97804

ath:AT5G07830

ath:AT5G34940

ath:AT5G61250

hsa:10855

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.284

排名 1 · LXL04_008678 · OH-1004

细胞外0.266

排名 2 · LXL04_008678 · OH-1004

细胞膜0.169

排名 3 · LXL04_008678 · OH-1004

细胞质0.134

排名 4 · LXL04_008678 · OH-1004

内质网0.111

排名 5 · LXL04_008678 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03662.21Glyco_hydro_79n25-340 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008678	`PF03662.21`	Glyco_hydro_79n	25	340	5.8e-154	512.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF10`	拟南芥	Heparanase-like protein 1	57.486%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L608`	拟南芥	Heparanase-like protein 2	56.618%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FZP1`	拟南芥	Heparanase-like protein 3	46.935%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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