LXL04_008662 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008662

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 105467051-105468523 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1473 bp · LXL04_008662|LXL04_008662|OH1004|cDNA

ATGAAGTCGTTGCTGAAAACCAAATGGCGGAATGTCGATACTTTAAGTTATTCTCTGGTACGTCACTACTCTTCAGTTCCGTCAACACCACCATTAACCGACCTTGAAAAGCTGTGCGACGTTGTCACTCATGGGATTGGCAGTCTAGATGACCTAGAAGCAACTCTTAACTCCATCAATGTCTCTTGCTGCTCCTCACTCATCACTCAGGTACTCGATTCTACCAAAAACGAAGCTCCCACAAGACGCCTCCTTAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1473 bp · LXL04_008662|LXL04_008662|OH1004|CDS

ATGAAGTCGTTGCTGAAAACCAAATGGCGGAATGTCGATACTTTAAGTTATTCTCTGGTACGTCACTACTCTTCAGTTCCGTCAACACCACCATTAACCGACCTTGAAAAGCTGTGCGACGTTGTCACTCATGGGATTGGCAGTCTAGATGACCTAGAAGCAACTCTTAACTCCATCAATGTCTCTTGCTGCTCCTCACTCATCACTCAGGTACTCGATTCTACCAAAAACGAAGCTCCCACAAGACGCCTCCTTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

490 aa · LXL04_008662|LXL04_008662|OH1004|PROTEIN

MKSLLKTKWRNVDTLSYSLVRHYSSVPSTPPLTDLEKLCDVVTHGIGSLDDLEATLNSINVSCCSSLITQVLDSTKNEAPTRRLLRFFLWSEKHSVTRLDDKDYNHAIRVIAEKKDFLSLHMLISNLSNQNRAMETSTFCTVSSTLVQLGRVDEALGIFKNLNKLKCPQDTTTITAIVSALCSKGHVKRAEGVIHHHKHKLSTPNLKLIIYKNLLHGYSLQKNIKESRKILKDMKGAKITPDIFIYNTFLNCLCEKNLKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008662`
TK1151 ID	TkA03G348300
OH-1004 ID	LXL04_008662
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.890 / OH-1004 42.857 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008662

位置 Chr02:105467051-105468523 (+)

描述 Similar to At5g61370: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61370, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61370`	含五聚肽重复的线粒体蛋白 At5g61370。	暂无已核实直接文献
`At5g60960`	RNA 结合蛋白，在线粒体和细胞核中发挥作用。	An Arabidopsis dual-localized pentatricopeptide repeat protein interacts with nuclear proteins involved in gene expression regulation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081638
`At3g49730`	含五重复肽的蛋白质 At3g49730。	暂无已核实直接文献
`At5g65820`	假定含有五十二肽重复序列的蛋白 At5g65820。	暂无已核实直接文献
`At3g22670`	含五节重复序列蛋白At3g22670，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008662 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0043022 ribosome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49730

ath:AT5G60960

ath:AT5G61370

ath:AT5G65820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.828

排名 1 · LXL04_008662 · OH-1004

质体0.072

排名 2 · LXL04_008662 · OH-1004

细胞核0.067

排名 3 · LXL04_008662 · OH-1004

细胞质0.029

排名 4 · LXL04_008662 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_008662 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812.13PPR_3208-252 aa

PF13041.13PPR_2209-254 aa

PF13041.13PPR_2264-296 aa

PF13812.13PPR_3268-296 aa

PF12854.14PPR_1281-312 aa

PF13041.13PPR_2283-322 aa

PF01535.27PPR286-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008662	`PF13812.13`	PPR_3	208	252	1.5e-14	54.5
LXL04_008662	`PF13041.13`	PPR_2	209	254	5.4e-25	88.0
LXL04_008662	`PF13041.13`	PPR_2	264	296	5.4e-25	88.0
LXL04_008662	`PF13812.13`	PPR_3	268	296	1.5e-14	54.5
LXL04_008662	`PF12854.14`	PPR_1	281	312	9.6e-17	61.2
LXL04_008662	`PF13041.13`	PPR_2	283	322	5.4e-25	88.0
LXL04_008662	`PF01535.27`	PPR	286	312	1.3e-21	76.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLJ6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61370, mitochondrial	57.635%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FME4`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein mL104 (rPPR9)	26.859%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C8A0`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49730	24.146%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FH87`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820	23.294%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUJ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22670, mitochondrial	23.596%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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