LXL04_008649 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008649

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 105167216-105168594 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1104 bp · LXL04_008649|LXL04_008649|OH1004|cDNA

ATGGAAACTCAATATTCTATGAGAACTTGGTCAACCCATGAACTCAGTTTTCCTAAAGAAGATGATGGTTTTTCCTTCCCCAACCATTTCCCTCCACTGGATTTCGGTAGGTTTCCGGAGAGAGGATGCAACCTCACATACGATTTGCCCCCGATGCCACCTCAGCATAATGGATTTGACGCGCTTCCATGGATGGACATGATCATCTCAAGGGACCCATTGTATTCATCTTTAGATATCGTACCAAGGCACAACCAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_008649|LXL04_008649|OH1004|CDS

ATGGAAACTCAATATTCTATGAGAACTTGGTCAACCCATGAACTCAGTTTTCCTAAAGAAGATGATGGTTTTTCCTTCCCCAACCATTTCCCTCCACTGGATTTCGGTAGGTTTCCGGAGAGAGGATGCAACCTCACATACGATTTGCCCCCGATGCCACCTCAGCATAATGGATTTGACGCGCTTCCATGGATGGACATGATCATCTCAAGGGACCCATTGTATTCATCTTTAGATATCGTACCAAGGCACAACCAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_008649|LXL04_008649|OH1004|PROTEIN

METQYSMRTWSTHELSFPKEDDGFSFPNHFPPLDFGRFPERGCNLTYDLPPMPPQHNGFDALPWMDMIISRDPLYSSLDIVPRHNQCLLPESFTNGTPADDQFMHVYGINNEFNSYNQDYICGFQSHQDPPLMITYTEDDHNNNGVQVTKENVEKMELKMEITNPKTLEKERDLNGSNAGGYNSNYTSKMMLSRETISKYFYMPITQAAKELNVGLTLLKKRCRELGIRRWPHRKLMSLQTLINNVQELGKSSGERADGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008649`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008649

位置 Chr02:105167216-105168594 (+)

描述 Similar to RKD1: Protein RKD1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18790`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g74480`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g66990`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g53040`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g35590`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008649 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18790

ath:AT1G74480

ath:AT4G35590

ath:AT5G53040

ath:AT5G66990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · LXL04_008649 · OH-1004

细胞质0.074

排名 2 · LXL04_008649 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_008649 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_008649 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_008649 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02042.22RWP-RK188-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008649	`PF02042.22`	RWP-RK	188	277	6.3e-27	94.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9U9`	拟南芥	Protein RKD1	67.769%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CA66`	拟南芥	Protein RKD2	67.593%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FGD1`	拟南芥	Protein RKD3	62.832%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LVU8`	拟南芥	Protein RKD4	53.913%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O81791`	拟南芥	Protein RKD5	39.535%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情