LXL04_008630 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008630

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 104627235-104632459 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3756 bp · LXL04_008630|LXL04_008630|OH1004|cDNA

ATGGCACATCTCCCAGGAAGAGCACCTTTTGTTGACAAAAAGAGTTCCAGTCATTTATCATTTGAAGAAATTGTGCCCCCTTCAGCTTGGACAGAAGACGCAACATGCCATTACCTCCTTGTTGATCTTCCCGGTTTCAAGAGGCAGGAGCTAAAGCTTCAAGCCGATAACCGGACTCATATAGTGGTAAGTGGAGAAACGCAAGTGAgagaaaacaaatacaagagATTTGAGCAAAGTTTTGAGTTGCCAAAGAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3756 bp · LXL04_008630|LXL04_008630|OH1004|CDS

ATGGCACATCTCCCAGGAAGAGCACCTTTTGTTGACAAAAAGAGTTCCAGTCATTTATCATTTGAAGAAATTGTGCCCCCTTCAGCTTGGACAGAAGACGCAACATGCCATTACCTCCTTGTTGATCTTCCCGGTTTCAAGAGGCAGGAGCTAAAGCTTCAAGCCGATAACCGGACTCATATAGTGGTAAGTGGAGAAACGCAAGTGAGAGAAAACAAATACAAGAGATTTGAGCAAAGTTTTGAGTTGCCAAAGAATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1251 aa · LXL04_008630|LXL04_008630|OH1004|PROTEIN

MAHLPGRAPFVDKKSSSHLSFEEIVPPSAWTEDATCHYLLVDLPGFKRQELKLQADNRTHIVVSGETQVRENKYKRFEQSFELPKNADVDKITGKLDSEILYITVPKKLEHHHQEVKYGGEIESEPKPEPEPESESEPEPEPISNANEIESEPVPGPEHKSNANENKNVENGIERKKHRMGSDENWGKEADLLLKLAIEKLKNNKGIVATAIFAFSLGMLVSHKFQSNYENKEGQESHVSHLLRPTTDDTIMAEQQQQPP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008630`
TK1151 ID	TkA03G351770
OH-1004 ID	LXL04_008630
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	96.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.740 / OH-1004 78.897 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008630

位置 Chr02:104627235-104632459 (-)

描述 Similar to QKY: Protein QUIRKY

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74720`	可能参与 Ca 2(+)-依赖的信号传导和膜转运。	暂无已核实直接文献
`At5g17980`	可能通过调节其他调控因子的运输发挥信号分子的功能。	暂无已核实直接文献
`At3g57880`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033
`At1g51570`	在顶端分生组织 (SAM) 中的芽干细胞增殖和分化中必需，从而通过控制 STM 在芽顶的亚细胞定位和细胞间运输，决定芽干细胞的维持与其分化为其他地上植物部分之间的适当平衡。	FTIP-Dependent STM Trafficking Regulates Shoot Meristem Development in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1016/j.celrep.2018.04.033

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0370600`	促进转录因子 OSH1 的核转位，在花药发育后期直接抑制生长素生物合成基因 YUCCA4。	OsFTIP7 determines auxin-mediated anther dehiscence in rice.2018 · DOI: 10.1038/s41477-018-0175-0

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008630 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009663 plasmodesma organization 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0010930 negative regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048729 tissue morphogenesis 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:1902182 shoot apical meristem development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74720

ath:AT3G57880

ath:AT5G17980

dosa:Os05g0370600

osa:4338582

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.592

排名 1 · LXL04_008630 · OH-1004

内质网0.193

排名 2 · LXL04_008630 · OH-1004

细胞质0.150

排名 3 · LXL04_008630 · OH-1004

细胞核0.126

排名 4 · LXL04_008630 · OH-1004

高尔基体0.082

排名 5 · LXL04_008630 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00011.28HSP2031-115 aa

PF00168.37C2270-365 aa

PF00168.37C2522-624 aa

PF00168.37C2679-788 aa

PF00168.37C2837-950 aa

PF08372.17PRT_C1096-1251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008630	`PF00011.28`	HSP20	31	115	6.5e-12	46.2
LXL04_008630	`PF00168.37`	C2	270	365	5.9e-60	200.7
LXL04_008630	`PF00168.37`	C2	522	624	5.9e-60	200.7
LXL04_008630	`PF00168.37`	C2	679	788	5.9e-60	200.7
LXL04_008630	`PF00168.37`	C2	837	950	5.9e-60	200.7
LXL04_008630	`PF08372.17`	PRT_C	1096	1251	1.3e-70	236.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B8XCH5`	拟南芥	Protein QUIRKY	67.904%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FJG3`	拟南芥	Multiple C2 domain and transmembrane region protein 16	55.762%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M2R0`	拟南芥	FT-interacting protein 3	55.658%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8H3`	拟南芥	FT-interacting protein 4	54.796%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q60EW9`	水稻	FT-interacting protein 7	55.425%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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