LXL04_008572 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008572

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 103003204-103004860 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

876 bp · LXL04_008572|LXL04_008572|OH1004|cDNA

ATGGAGCAGAGTTATGGAGCATTGCCCGAGGAACTCTGGGACCTCCGTCTCCATTTCACCATTGTCGATCAGATGTATTCCATTCACGGTATTGTCTCTCCCCTAATTCACCGATTTAGACACCTTAAAGCCCTAGATCTCAGTAAATTGAATCACAGTTATCTCGAAACGGCTCTTTACGAGTTCGCTCGTTCTTCCGTTGCCTTGAATTTGGAAATTCTCGATATCTCCAACCACGATTTGATACCACATCGAGGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · LXL04_008572|LXL04_008572|OH1004|CDS

ATGGAGCAGAGTTATGGAGCATTGCCCGAGGAACTCTGGGACCTCCGTCTCCATTTCACCATTGTCGATCAGATGTATTCCATTCACGGTATTGTCTCTCCCCTAATTCACCGATTTAGACACCTTAAAGCCCTAGATCTCAGTAAATTGAATCACAGTTATCTCGAAACGGCTCTTTACGAGTTCGCTCGTTCTTCCGTTGCCTTGAATTTGGAAATTCTCGATATCTCCAACCACGATTTGATACCACATCGAGGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

291 aa · LXL04_008572|LXL04_008572|OH1004|PROTEIN

MEQSYGALPEELWDLRLHFTIVDQMYSIHGIVSPLIHRFRHLKALDLSKLNHSYLETALYEFARSSVALNLEILDISNHDLIPHRGSKELGLSNRKIKVLRCANVIKGKVEDVELPEKADILISEPMGTLLINERMLESYVIARDRFLVPNGKMFPTVGSKVVNATKWSRSDIPNGTLSSSKSKFDDKIEASSAKMYFHYYGQLLHQQNMLQDYVSIGSYYAAVIENQADFAGRVVVDVGAGSGILSLFAAQAGAKHVYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008572`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008572

位置 Chr02:103003204-103004860 (+)

描述 Similar to PRMT13: Probable histone-arginine methyltransferase 1.3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06930`	将精氨酸残基的胍氮进行甲基化（单甲基化和非对称二甲基化），涉及多种DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白（通过相似性推测）。	PARAQUAT TOLERANCE3 Is an E3 Ligase That Switches off Activated Oxidative Response by Targeting Histone-Modifying PROTEIN METHYLTRANSFERASE4b.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006332
`At5g49020`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0671700`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YPT7`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008572 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0019919 peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:1902884 positive regulation of response to oxidative stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06930

ath:AT5G49020

dosa:Os07g0671700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.467

排名 1 · LXL04_008572 · OH-1004

细胞核0.430

排名 2 · LXL04_008572 · OH-1004

线粒体0.088

排名 3 · LXL04_008572 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_008572 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 5 · LXL04_008572 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06325.20PrmA232-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008572	`PF06325.20`	PrmA	232	281	2.6e-07	31.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84W92`	拟南芥	Probable histone-arginine methyltransferase 1.3	83.621%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A3KPF2`	拟南芥	Probable histone-arginine methyltransferase 1.4	82.051%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XI75`	水稻	Probable histone-arginine methyltransferase CARM1	82.143%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2YPT7`	水稻	Probable histone-arginine methyltransferase CARM1	82.143%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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