LXL04_008398 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008398

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 98515658-98528956 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10476 bp · LXL04_008398|LXL04_008398|OH1004|cDNA

ATGGCTCCAAAATTAGCTAACGCTACCACGTCTACTAAAGAAGAAAGTTTCATTCCAGTCACATCGTCTCTTTATGTAGTTAAAGATAGCAATCATGCGATTAGTTTAGATCCAAAGGACTATGCGGAAACCGTCAGAGTGGTTATCGAATTCTTGAACGTTTTCCCCCTTCACGAAGCTTTAACTGCGGTTCCAAAAACTCCTATTTCGCAGTTCAAACAAGAAATCGGGTATATTCATCCACAAAAAGCAAAGAATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

10476 bp · LXL04_008398|LXL04_008398|OH1004|CDS

ATGGCTCCAAAATTAGCTAACGCTACCACGTCTACTAAAGAAGAAAGTTTCATTCCAGTCACATCGTCTCTTTATGTAGTTAAAGATAGCAATCATGCGATTAGTTTAGATCCAAAGGACTATGCGGAAACCGTCAGAGTGGTTATCGAATTCTTGAACGTTTTCCCCCTTCACGAAGCTTTAACTGCGGTTCCAAAAACTCCTATTTCGCAGTTCAAACAAGAAATCGGGTATATTCATCCACAAAAAGCAAAGAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3491 aa · LXL04_008398|LXL04_008398|OH1004|PROTEIN

MAPKLANATTSTKEESFIPVTSSLYVVKDSNHAISLDPKDYAETVRVVIEFLNVFPLHEALTAVPKTPISQFKQEIGYIHPQKAKNKSDLVKSGCPAVWQVLIHLLLRSLSGKSGGTDSLNLLWTDFINSIWSNRPNAVDVPQLLWDEFILYTSRRKNQEMPLERFWALTLEAVYKEHKINPTPDDSSLVCTFTNLKGYKCSDQTRFGTPKRLPKHMLDMLSPTSPYMNYHLAATEVTARLSPTPDVDSAKKGDETSAQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008398`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008398

位置 Chr02:98515658-98528956 (-)

描述 Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08020`	DNA 重组、修复和复制所需的复制蛋白 A 复合物 (RPA) 的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08020

cje:Cj0945c

mmu:208084

rno:367645

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.911

排名 1 · LXL04_008398 · OH-1004

细胞质0.167

排名 2 · LXL04_008398 · OH-1004

线粒体0.036

排名 3 · LXL04_008398 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_008398 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_008398 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214.12Helitron_like_N1686-1870 aa

PF05970.21PIF12338-2560 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom2662-2707 aa

PF02721.22DUF2232869-2970 aa

PF08646.17Rep_fac-A_C3144-3245 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008398	`PF14214.12`	Helitron_like_N	1686	1870	2.3e-57	195.0
LXL04_008398	`PF05970.21`	PIF1	2338	2560	5.1e-82	275.5
LXL04_008398	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	2662	2707	1.1e-21	76.9
LXL04_008398	`PF02721.22`	DUF223	2869	2970	7.4e-10	39.8
LXL04_008398	`PF08646.17`	Rep_fac-A_C	3144	3245	1.9e-09	38.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD82`	拟南芥	Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B	24.107%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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