LXL04_008332 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008332

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 96865279-96866436 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1158 bp · LXL04_008332|LXL04_008332|OH1004|cDNA

ATGGAAGATTTGGGCTGGGAAAGAAACATGTTGTCGTTTCCATGGAGCAACTCCAATAATCATCAGCAGCAGCAGCAAGACATCGGGAAAAGCTTCGTTTTTGGTTCAGACAATAGCATCCTAGATCACTTAACAGCTGCAGGCGGCCGTCAAATGGGTTCTCATCCGTTAGCACCGGCGAGGATAGATTCCACTAATGTACCCTCAAGTTTCGGTACTGCTAGTCAATATTGGTCTCAAGGGATGGTTGTCAATGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1158 bp · LXL04_008332|LXL04_008332|OH1004|CDS

ATGGAAGATTTGGGCTGGGAAAGAAACATGTTGTCGTTTCCATGGAGCAACTCCAATAATCATCAGCAGCAGCAGCAAGACATCGGGAAAAGCTTCGTTTTTGGTTCAGACAATAGCATCCTAGATCACTTAACAGCTGCAGGCGGCCGTCAAATGGGTTCTCATCCGTTAGCACCGGCGAGGATAGATTCCACTAATGTACCCTCAAGTTTCGGTACTGCTAGTCAATATTGGTCTCAAGGGATGGTTGTCAATGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

385 aa · LXL04_008332|LXL04_008332|OH1004|PROTEIN

MEDLGWERNMLSFPWSNSNNHQQQQQDIGKSFVFGSDNSILDHLTAAGGRQMGSHPLAPARIDSTNVPSSFGTASQYWSQGMVVNGFHEGKNVIPITTAATDHPGVATAVVAVNSLESLDCLLSTTNSNGADTSPDHEDGISVIFSDYNNLCNDNVLFTNNNNLSGVSSGDSITKEIDDGIVSKCSSDKRRKGFYDDNPSKPKKPRSDPGLPTSSNINFRQTMDFDEPDSEAIAQMKEMIYRAAAFRPVSFADEEAVEKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008332`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008332

位置 Chr02:96865279-96866436 (+)

描述 Similar to BHLH87: Transcription factor bHLH87

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g21330`	转录因子bHLH87。	暂无已核实直接文献
`At4g00120`	播散种子所需的转录调节因子。	暂无已核实直接文献
`At3g50330`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510
`At5g67060`	对雌性生殖道发育和生育力必需。	The HECATE genes regulate female reproductive tract development in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1242/dev.011510

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0541400`	转录因子，参与花期的负调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008332 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010500 transmitting tissue development 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048462 carpel formation 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0080126 ovary septum development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G21330

ath:AT3G50330

ath:AT4G00120

ath:AT5G67060

dosa:Os05g0541400

osa:9269440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · LXL04_008332 · OH-1004

细胞质0.080

排名 2 · LXL04_008332 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_008332 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_008332 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_008332 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH275-317 aa

PF23173.3bHLH_SAC51278-319 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008332	`PF00010.32`	HLH	275	317	2.6e-06	27.8
LXL04_008332	`PF23173.3`	bHLH_SAC51	278	319	5.2e-10	39.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S3D2`	拟南芥	Transcription factor bHLH87	45.860%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81313`	拟南芥	Transcription factor IND	63.158%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SND4`	拟南芥	Transcription factor HEC2	52.206%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FHA7`	拟南芥	Transcription factor HEC1	66.667%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A0A0P0WQ90`	水稻	Transcription factor LATE FLOWERING	65.138%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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