LXL04_008309 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008309

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 96269913-96270764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_008309|LXL04_008309|OH1004|cDNA

ATGtcgtcatcatcatcatctccacAAACCACCGCCAACGGCGGAGAAAACGAAGGCGACTGGGTCTGGAACGAAATCAAAGCCGAAGCTCGCCGCGACGCCGAATCAGAGCCCGCCCTCGCCAGCTACCTCTACTCCACCATCATCTCTCACTCTTCTCTCACACGCTCTCTCTCTTTCCATTTAGGAAACAAACTCTGCTCCTCCACTCTGCTATCCACGCTCCTCTACGATCTCTTCCTCAACACCTTCTCCTCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_008309|LXL04_008309|OH1004|CDS

ATGTCGTCATCATCATCATCTCCACAAACCACCGCCAACGGCGGAGAAAACGAAGGCGACTGGGTCTGGAACGAAATCAAAGCCGAAGCTCGCCGCGACGCCGAATCAGAGCCCGCCCTCGCCAGCTACCTCTACTCCACCATCATCTCTCACTCTTCTCTCACACGCTCTCTCTCTTTCCATTTAGGAAACAAACTCTGCTCCTCCACTCTGCTATCCACGCTCCTCTACGATCTCTTCCTCAACACCTTCTCCTCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_008309|LXL04_008309|OH1004|PROTEIN

MSSSSSSPQTTANGGENEGDWVWNEIKAEARRDAESEPALASYLYSTIISHSSLTRSLSFHLGNKLCSSTLLSTLLYDLFLNTFSSDASLLSATVADLRAARQRDPACISFAHCLLNYKGFLAIQAHRVAHRLWALNRKPIALALHSRIADVFAVDIHPAARVGKGILLDHATGVVIGETAVVGNNVSILHHVTLGGTGKVGGDRHPKIGDGVLIGAGATVLGNVKIGEGAKIGAGSLVMIDVPPWTTAVGNPARLVGGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008309`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008309

位置 Chr02:96269913-96270764 (+)

描述 Similar to SAT5: Serine acetyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56760`	丝氨酸乙酰转移酶5。	暂无已核实直接文献
`At1g55920`	丝氨酸乙酰转移酶，催化乙酰辅酶A和L-丝氨酸生成O-乙酰-L-丝氨酸。	暂无已核实直接文献
`At3g13110`	线粒体丝氨酸乙酰基转移酶3。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0533500`	可能的丝氨酸乙酰转移酶5。	暂无已核实直接文献
`Os01g0720700`	可能的丝氨酸乙酰转移酶 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006535 L-cysteine biosynthetic process from L-serine 生物过程

GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程

GO:0019344 L-cysteine biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0009001 serine O-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55920

ath:AT3G13110

ath:AT5G56760

dosa:Os01g0720700

dosa:Os05g0533500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.469

排名 1 · LXL04_008309 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_008309 · OH-1004

线粒体0.167

排名 3 · LXL04_008309 · OH-1004

过氧化物酶体0.108

排名 4 · LXL04_008309 · OH-1004

质体0.094

排名 5 · LXL04_008309 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06426.20SATase_N22-126 aa

PF00132.31Hexapep206-239 aa

PF14602.13Hexapep_2208-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008309	`PF06426.20`	SATase_N	22	126	1.4e-34	119.2
LXL04_008309	`PF00132.31`	Hexapep	206	239	2.1e-13	50.0
LXL04_008309	`PF14602.13`	Hexapep_2	208	238	6e-07	29.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42538`	拟南芥	Serine acetyltransferase 5	84.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42588`	拟南芥	Serine acetyltransferase 1, chloroplastic	58.935%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39218`	拟南芥	Serine acetyltransferase 3, mitochondrial	57.934%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DGG8`	水稻	Probable serine acetyltransferase 5	76.692%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W0E4`	水稻	Probable serine acetyltransferase 1	74.906%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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