基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_008231
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 93362840-93365628
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2121 bp · LXL04_008231|LXL04_008231|OH1004|cDNA
ATGGAGGGATTTGGGGAATTCAATTTGGTACGGGAAAGCTCTGAAGGAAACGGTAATAGAAGGTTTGTAGAAGAAGCATTTGAATCCGGGTATGGCACCAATGAGTTCTTGGAAGTCACTTCTAGTGACACACAAGAAATTGACCATGATTCTTCATCCACTACACGTAGGGGACACAAGCAACGCCATACTCCATATCAGATTCAAGAACTCGAAAAGTCATTTAACGAAAACCCTCACCCTGGTGAGAGTGCAAGGTT...
CDS
下载 CDS FASTA2121 bp · LXL04_008231|LXL04_008231|OH1004|CDS
ATGGAGGGATTTGGGGAATTCAATTTGGTACGGGAAAGCTCTGAAGGAAACGGTAATAGAAGGTTTGTAGAAGAAGCATTTGAATCCGGGTATGGCACCAATGAGTTCTTGGAAGTCACTTCTAGTGACACACAAGAAATTGACCATGATTCTTCATCCACTACACGTAGGGGACACAAGCAACGCCATACTCCATATCAGATTCAAGAACTCGAAAAGTCATTTAACGAAAACCCTCACCCTGGTGAGAGTGCAAGGTT...
706 aa · LXL04_008231|LXL04_008231|OH1004|PROTEIN
MEGFGEFNLVRESSEGNGNRRFVEEAFESGYGTNEFLEVTSSDTQEIDHDSSSTTRRGHKQRHTPYQIQELEKSFNENPHPGESARLEIGRKLNLEQNQVKFWFQNKRTQMKNQKDRHGNTILKQENEQLLLENIVLKDALEKKMCKDCGGPTLQIDRSTLEQELTIENAKLKEEINRTTSVLSGRHSSSSPGGGLNPIDSGLQLQIGIVDNNLVSNDPPLVPTASGSESTTGMVAARYLKLASSAMDELMKLAQVDAPL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_008231 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_008231 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr02:93362840-93365628 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to HDG1: Homeobox-leucine zipper protein HDG1 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程 GO:0009845 seed germination 生物过程 GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程 GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0043481 anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程 GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程 GO:0048825 cotyledon development 生物过程 GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G61150 ath:AT4G00730 ath:AT4G04890 dosa:Os02g0674800 dosa:Os04g0569100 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.908
细胞质0.138
细胞膜0.044
内质网0.025
质体0.022
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00046.36Homeodomain58-113 aaPF01852.26START243-458 aaPF25797.2PDF2_C478-699 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_008231 | PF00046.36 | Homeodomain | 58 | 113 | 3.9e-18 | 65.7 |
| LXL04_008231 | PF01852.26 | START | 243 | 458 | 1.9e-33 | 116.3 |
| LXL04_008231 | PF25797.2 | PDF2_C | 478 | 699 | 7.2e-47 | 160.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9M2E8 | 拟南芥 | Homeobox-leucine zipper protein HDG1 | 42.210% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q0WV12 | 拟南芥 | Homeobox-leucine zipper protein ANTHOCYANINLESS 2 | 41.399% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q93V99 | 拟南芥 | Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 2 | 37.741% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q6EPF0 | 水稻 | Homeobox-leucine zipper protein ROC5 | 39.357% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q7Y0V9 | 水稻 | Homeobox-leucine zipper protein ROC4 | 40.563% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |