LXL04_007594 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007594

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 53313623-53322377 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4581 bp · LXL04_007594|LXL04_007594|OH1004|cDNA

atgtcttctttTTCGATGAAATTGGACAATCAGACATTGTTCAACTTAGCAAATTGGATTGGATCAAGTTCAGAAGTTCAGACTCTATTTCCAGACGATTACGAGATTTGGGCTCTAtacatggaggattatctcctgGGTCTCGAAAATGGCTATATGATCTGGAAATCTGTTACCAAAGGTCCTCACAAATTTCCATTAACTGATGAATCTGATAGCATCTCAGTTTACACCAATGAAGAATATGAGGAGCTAAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

4581 bp · LXL04_007594|LXL04_007594|OH1004|CDS

ATGTCTTCTTTTTCGATGAAATTGGACAATCAGACATTGTTCAACTTAGCAAATTGGATTGGATCAAGTTCAGAAGTTCAGACTCTATTTCCAGACGATTACGAGATTTGGGCTCTATACATGGAGGATTATCTCCTGGGTCTCGAAAATGGCTATATGATCTGGAAATCTGTTACCAAAGGTCCTCACAAATTTCCATTAACTGATGAATCTGATAGCATCTCAGTTTACACCAATGAAGAATATGAGGAGCTAAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1526 aa · LXL04_007594|LXL04_007594|OH1004|PROTEIN

MSSFSMKLDNQTLFNLANWIGSSSEVQTLFPDDYEIWALYMEDYLLGLENGYMIWKSVTKGPHKFPLTDESDSISVYTNEEYEELKTTPGITISKENKERIEIDLKAKRELRFALTPNVFRLVRNCNSANALWKKLEEMYGGNKKQLKSQQTGILTKLHRCMVQGLFTDNLYKSYSIKYCTFRNRGTHISNTREAKAFALLSEEGIAKGIRRVTAVTTDYAFEAIKKAAELEEEVNQASKLEGNALEQKVTSLNGQVESA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007594`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007594

位置 Chr02:53313623-53322377 (-)

描述 Similar to ALATS: Alanine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50200`	催化丙氨酸连接到 tRNA(Ala) 的两步反应：首先丙氨酸被 ATP 激活形成 Ala-AMP，然后转移到 tRNA(Ala) 的受体端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007594 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006419 alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0070143 mitochondrial alanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0002161 aminoacyl-tRNA deacylase activity 分子功能

GO:0004813 alanine-tRNA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:1990825 sequence-specific mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50200

bmor:693023

ddi:DDB_G0277823

sce:YOR335C

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.905

排名 1 · LXL04_007594 · OH-1004

细胞质0.171

排名 2 · LXL04_007594 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_007594 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_007594 · OH-1004

细胞外0.012

排名 5 · LXL04_007594 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223.15Retrotran_gag_288-148 aa

PF07973.20tRNA_SAD185-213 aa

PF02992.21Transposase_21442-483 aa

PF02992.21Transposase_21483-611 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007594	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	88	148	1.9e-06	28.5
LXL04_007594	`PF07973.20`	tRNA_SAD	185	213	8.5e-08	32.8
LXL04_007594	`PF02992.21`	Transposase_21	442	483	7.4e-69	231.9
LXL04_007594	`PF02992.21`	Transposase_21	483	611	7.4e-69	231.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P36428`	拟南芥	Alanine--tRNA ligase	56.911%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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