LXL04_007542 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007542

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 51575066-51577868 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1578 bp · LXL04_007542|LXL04_007542|OH1004|cDNA

ATGTGCAAAACAAACGCTCAGATTCGGACCGAGTCAAAAATTAGTACCGACCGGACCCAATCCAACCCAAATCAAACAGCCCTAACTTGCACATTGACTGAGAAACATAGCGAGCAATTAGTTTCAGAAGAAGAAAAATACACCATGCCTCGCGAAATCATCAATTTGCAAGTAGGGCAATGTGGAAATCAGATCGGGATGGAGTTCTGGAAACAACTATGCCTTGAACACGGGATATCTAAAGACGGCATTCTCGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · LXL04_007542|LXL04_007542|OH1004|CDS

ATGTGCAAAACAAACGCTCAGATTCGGACCGAGTCAAAAATTAGTACCGACCGGACCCAATCCAACCCAAATCAAACAGCCCTAACTTGCACATTGACTGAGAAACATAGCGAGCAATTAGTTTCAGAAGAAGAAAAATACACCATGCCTCGCGAAATCATCAATTTGCAAGTAGGGCAATGTGGAAATCAGATCGGGATGGAGTTCTGGAAACAACTATGCCTTGAACACGGGATATCTAAAGACGGCATTCTCGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

525 aa · LXL04_007542|LXL04_007542|OH1004|PROTEIN

MCKTNAQIRTESKISTDRTQSNPNQTALTCTLTEKHSEQLVSEEEKYTMPREIINLQVGQCGNQIGMEFWKQLCLEHGISKDGILEEYATQGGAGDRKDVFFYQADDQHYIPRALLVDLEPRVINGIQTGEYRDLYNHENIFISQEGAGAGNNWASGYDQGKHFEEDLMDMIDREADGSDSLEGFVLCHSIAGGTGSGMGSYILETLNDHYSKKLIQTYSVFPNQNETSDVVVQPYNSLLTLKRLTLNADCVVVLDNTAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007542`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007542

位置 Chr02:51575066-51577868 (-)

描述 Similar to TUBG1: Tubulin gamma-1 chain

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61650`	微管蛋白是微管的主要成分。	Feeding cells induced by phytoparasitic nematodes require γ-tubulin ring complex for microtubule reorganization.2011 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1002343
`At5g05620`	微管蛋白是微管的主要成分。	Feeding cells induced by phytoparasitic nematodes require γ-tubulin ring complex for microtubule reorganization.2011 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1002343

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0156600`	微管蛋白是微管的主要成分。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007542 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0007020 microtubule nucleation 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010103 stomatal complex morphogenesis 生物过程

GO:0031122 cytoplasmic microtubule organization 生物过程

GO:0046785 microtubule polymerization 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G61650

ath:AT5G05620

dosa:Os05g0156600

zma:542436

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.669

排名 1 · LXL04_007542 · OH-1004

细胞核0.162

排名 2 · LXL04_007542 · OH-1004

线粒体0.153

排名 3 · LXL04_007542 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 4 · LXL04_007542 · OH-1004

高尔基体0.038

排名 5 · LXL04_007542 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00091.32Tubulin52-264 aa

PF03953.23Tubulin_C314-443 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007542	`PF00091.32`	Tubulin	52	264	3e-61	207.8
LXL04_007542	`PF03953.23`	Tubulin_C	314	443	6.9e-43	146.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P38557`	拟南芥	Tubulin gamma-1 chain	86.134%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P38558`	拟南芥	Tubulin gamma-2 chain	86.134%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49068`	水稻	Tubulin gamma-2 chain	87.033%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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