LXL04_007505 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007505

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 50891500-50894072 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1500 bp · LXL04_007505|LXL04_007505|OH1004|cDNA

ATGAGAAATTTTTCTTCCAACACTGATTATTTAGGTGTAAAAATAGAGTCCGGACTTGATCTTTTGATGGGCAAATCAGGACAACACAAGAAGGGTCAGAAACAAAAAAGTCAAATTGGTAACATGCCGGAAGATGATAAAAACCACCCTTCACAGGCGGAAATCAGCCAACCTCTTCCAGCTGAGATGCCGCCTCTTGTTCAGTATAAATGTGGGCATAGAGACGCTAAGCCTTTAAAGTACACCGTTGATATCTTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1500 bp · LXL04_007505|LXL04_007505|OH1004|CDS

ATGAGAAATTTTTCTTCCAACACTGATTATTTAGGTGTAAAAATAGAGTCCGGACTTGATCTTTTGATGGGCAAATCAGGACAACACAAGAAGGGTCAGAAACAAAAAAGTCAAATTGGTAACATGCCGGAAGATGATAAAAACCACCCTTCACAGGCGGAAATCAGCCAACCTCTTCCAGCTGAGATGCCGCCTCTTGTTCAGTATAAATGTGGGCATAGAGACGCTAAGCCTTTAAAGTACACCGTTGATATCTTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

499 aa · LXL04_007505|LXL04_007505|OH1004|PROTEIN

MRNFSSNTDYLGVKIESGLDLLMGKSGQHKKGQKQKSQIGNMPEDDKNHPSQAEISQPLPAEMPPLVQYKCGHRDAKPLKYTVDIFVKTMKFVLLQKNTKEGVIEGLIDFECFPYVDGSIVLEFSAMVLGSPGTSPTKKVLDTIPLDVKQELSKKSMRVPITFPIDTIRLKEPYKVEIKTEAKQVTTGFNVCQLTLAVMEKVNALNIVNKKSDPQCGYCLVINNPGVLDPIGNISVTSEIGRGSNTIVYNGTFQDRHCAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007505`
TK1151 ID	TkA03G325880
OH-1004 ID	LXL04_007505
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	79.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.759 / OH-1004 90.782 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007505

位置 Chr02:50891500-50894072 (-)

描述 Similar to IRE1A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17520`	Senses 通过其 N 末端结构域在内质网腔中展开蛋白质，从而导致酶自动激活。	Characterization of two homologs of Ire1p, a kinase/endoribonuclease in yeast, in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1016/s0167-4781(02)00237-3 AtIRE1A/AtIRE1B and AGB1 independently control two essential unfolded protein response pathways in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04788.x Arabidopsis IRE1 catalyses unconventional splicing of bZIP60 mRNA to produce the active transcription factor.2011 · DOI: 10.1038/srep00029 IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944
`At5g24360`	Senses 通过其 N 末端结构域在内质网腔中展开蛋白质，从而导致酶自动激活。	Heat induces the splicing by IRE1 of a mRNA encoding a transcription factor involved in the unfolded protein response in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1102117108 AtIRE1A/AtIRE1B and AGB1 independently control two essential unfolded protein response pathways in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04788.x Arabidopsis IRE1 catalyses unconventional splicing of bZIP60 mRNA to produce the active transcription factor.2011 · DOI: 10.1038/srep00029 IRE1/bZIP60-mediated unfolded protein response plays distinct roles in plant immunity and abiotic stress responses.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0031944 Alteration of the bZIP60/IRE1 pathway affects plant response to ER stress in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0039023 Degradation of the endoplasmic reticulum by autophagy during endoplasmic reticulum stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101535
`At3g11870`	失活的丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶／核糖核酸内切酶IRE1样蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0471000`	参与内质网应激反应。	Signal transduction by IRE1-mediated splicing of bZIP50 and other stress sensors in the endoplasmic reticulum stress response of rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04844.x Conservation of IRE1-regulated bZIP74 mRNA unconventional splicing in rice (Oryza sativa L.) involved in ER stress responses.2012 · DOI: 10.1093/mp/ssr115

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006986 response to unfolded protein 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034263 positive regulation of autophagy in response to ER overload 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17520

ath:AT3G11870

ath:AT5G24360

dosa:Os07g0471000

spo:2542776

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481

排名 1 · LXL04_007505 · OH-1004

细胞核0.386

排名 2 · LXL04_007505 · OH-1004

细胞膜0.148

排名 3 · LXL04_007505 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_007505 · OH-1004

内质网0.074

排名 5 · LXL04_007505 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr235-399 aa

PF00069.32Pkinase236-327 aa

PF00069.32Pkinase356-398 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007505	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	235	399	1.2e-13	51.7
LXL04_007505	`PF00069.32`	Pkinase	236	327	5e-15	56.3
LXL04_007505	`PF00069.32`	Pkinase	356	398	5e-15	56.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5S2`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1a	34.405%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93VJ2`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1b	29.781%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SF12`	拟南芥	Inactive serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1-like	31.186%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7XIT1`	水稻	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1	34.138%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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