LXL04_007502 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007502

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 50782073-50783974 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1245 bp · LXL04_007502|LXL04_007502|OH1004|cDNA

ATGAGTTCCAACAACAAGAACAGTTACTGCTTCACGGAGACACCGATAACAGTTTCATTTCTATTGTATATACTGCTTCTATCGCTCTCTTTCGTCGAAGCTCAACCCGCATCTCCGCCAGATGAGTATCCCTATGCTAGATTTAGCCCGTCAATGGCGATCATAATCGTCGTTCTTGTAGCTGCTCTGTTCTTAATGGGGTTCTTCTCAATTTATATCCGACGGTGCTCAAACGACGGCGGAGCCAGCGTCCGTGCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · LXL04_007502|LXL04_007502|OH1004|CDS

ATGAGTTCCAACAACAAGAACAGTTACTGCTTCACGGAGACACCGATAACAGTTTCATTTCTATTGTATATACTGCTTCTATCGCTCTCTTTCGTCGAAGCTCAACCCGCATCTCCGCCAGATGAGTATCCCTATGCTAGATTTAGCCCGTCAATGGCGATCATAATCGTCGTTCTTGTAGCTGCTCTGTTCTTAATGGGGTTCTTCTCAATTTATATCCGACGGTGCTCAAACGACGGCGGAGCCAGCGTCCGTGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · LXL04_007502|LXL04_007502|OH1004|PROTEIN

MSSNNKNSYCFTETPITVSFLLYILLLSLSFVEAQPASPPDEYPYARFSPSMAIIIVVLVAALFLMGFFSIYIRRCSNDGGASVRAALSMRRAGRAAASRGLDSEVLETFPTFAYSTVKGLKIGKGALECAVCLNEFEDEETIRLIPKCDHVFHAECIDAWLENHVTCPVCRSDLVPKPGDSTQIDTQLESGATEGADNQTTVAADEGNTDVSIPIAEDAVDTTPQPAVLDRPPRSKSVRGPRFFEKFRSHSTGHSLVQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007502`
TK1151 ID	TkA02G278400
OH-1004 ID	LXL04_007502
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	65.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.424 / OH-1004 80.918 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007502

位置 Chr02:50782073-50783974 (+)

描述 Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05200`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At5g27420`	E3 泛素蛋白连接酶，是幼苗生长转变期间植物 C/N 响应所需的。	CNI1/ATL31, a RING-type ubiquitin ligase that functions in the carbon/nitrogen response for growth phase transition in Arabidopsis seedlings.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04006.x
`At1g22500`	E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。	暂无已核实直接文献
`At1g72200`	RING-H2指蛋白ATL11。	暂无已核实直接文献
`At4g09120`	推测的 RING-H2 指蛋白 ATL36。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007502 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043562 cellular response to nitrogen levels 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22500

ath:AT1G72200

ath:AT3G05200

ath:AT4G09120

ath:AT5G27420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.597

排名 1 · LXL04_007502 · OH-1004

细胞核0.169

排名 2 · LXL04_007502 · OH-1004

内质网0.159

排名 3 · LXL04_007502 · OH-1004

细胞质0.152

排名 4 · LXL04_007502 · OH-1004

溶酶体／液泡0.072

排名 5 · LXL04_007502 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2129-172 aa

PF17123.12zf-RING_11129-158 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2129-171 aa

PF14634.13zf-RING_5129-172 aa

PF12678.14zf-rbx1130-172 aa

PF00097.32zf-C3HC4130-171 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX130-169 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007502	`PF13639.13`	zf-RING_2	129	172	1.4e-14	54.8
LXL04_007502	`PF17123.12`	zf-RING_11	129	158	8.3e-10	38.9
LXL04_007502	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	129	171	1.6e-09	38.1
LXL04_007502	`PF14634.13`	zf-RING_5	129	172	2e-06	28.4
LXL04_007502	`PF12678.14`	zf-rbx1	130	172	1.3e-08	35.7
LXL04_007502	`PF00097.32`	zf-C3HC4	130	171	4.5e-08	33.5
LXL04_007502	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	130	169	2e-06	28.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXX9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL6	47.605%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LGA5`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL31	45.253%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SK92`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL15	41.121%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84W40`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL11	39.335%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0R5`	拟南芥	Putative RING-H2 finger protein ATL36	39.809%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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