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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007479
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 49722390-49730515 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

6528 bp · LXL04_007479|LXL04_007479|OH1004|cDNA

ATGGCCGCCGCTGTAGGTTGGGCATATTCTTCCAGCAGTAATGGCAGCAGTCTTGCCACTAATGATCTGGGGAATGGAAACGGCTGGGCTATGGTTTATAACGTTTTGTTATATCTTCCTAGTGATGTTGACTCTACAGTTTCCAATTTCATGGCAGATAGAAATGGGGATAGACACCATGATATAGAACCTGCAACTCCAAAATCCATCATAAAGATGAGTTCAAGAGGGGGTAGTAACATGGAGGATCCCGATGGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

6528 bp · LXL04_007479|LXL04_007479|OH1004|CDS

ATGGCCGCCGCTGTAGGTTGGGCATATTCTTCCAGCAGTAATGGCAGCAGTCTTGCCACTAATGATCTGGGGAATGGAAACGGCTGGGCTATGGTTTATAACGTTTTGTTATATCTTCCTAGTGATGTTGACTCTACAGTTTCCAATTTCATGGCAGATAGAAATGGGGATAGACACCATGATATAGAACCTGCAACTCCAAAATCCATCATAAAGATGAGTTCAAGAGGGGGTAGTAACATGGAGGATCCCGATGGCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

2175 aa · LXL04_007479|LXL04_007479|OH1004|PROTEIN

MAAAVGWAYSSSSNGSSLATNDLGNGNGWAMVYNVLLYLPSDVDSTVSNFMADRNGDRHHDIEPATPKSIIKMSSRGGSNMEDPDGTIASVAQCIEQLRQSSLSRQDKEYNLKQLLDLIDTRATAFSAVGSHSQAVPVLVSLLRSGSLGVKMQAATVLGSLCKENELRVKVLLGGCIPPLLGLLKSSSVEGRIAGAKTIYAVSQGGAKDHVGSKIFSTEGVVPVLWEQLEKGLKGGHLVDDLLTGSLRNLCSSTEGFWSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007479
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007479
位置Chr02:49722390-49730515 (-)
描述Similar to CSI1: Protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g22125 微管细胞骨架的调控因子。
POM-POM2/cellulose synthase interacting1 is essential for the functional association of cellulose synthase and microtubules in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.093575
The Arabidopsis ARCP protein, CSI1, which is required for microtubule stability, is necessary for root and anther development.2012 · DOI: 10.1105/tpc.111.095059
Impaired cellulose synthase guidance leads to stem torsion and twists phyllotactic patterns in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.cub.2013.04.013
Cellulose synthase INTERACTIVE3 regulates cellulose biosynthesis in both a microtubule-dependent and microtubule-independent manner in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.116715
CESA TRAFFICKING INHIBITOR inhibits cellulose deposition and interferes with the trafficking of cellulose synthase complexes and their associated proteins KORRIGAN1 and POM2/CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE PROTEIN1.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.249003
At1g77460 微管细胞骨架的调节因子（通过相似性）。
Cellulose synthase INTERACTIVE3 regulates cellulose biosynthesis in both a microtubule-dependent and microtubule-independent manner in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.116715
At1g44120 微管细胞骨架的调控因子。 暂无已核实直接文献
At2g23140 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007479 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G44120
ath:AT1G77460
ath:AT2G22125
ath:AT2G23140
ath:AT2G28830
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.442
排名 1 · LXL04_007479 · OH-1004
细胞核0.331
排名 2 · LXL04_007479 · OH-1004
细胞膜0.257
排名 3 · LXL04_007479 · OH-1004
内质网0.066
排名 4 · LXL04_007479 · OH-1004
高尔基体0.056
排名 5 · LXL04_007479 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25598.2ARM_PUB114-341 aa
PF00514.30Arm132-162 aa
PF24768.2ARM_ARMC5439-632 aa
PF25598.2ARM_PUB497-631 aa
PF00514.30Arm553-592 aa
PF24768.2ARM_ARMC51453-1615 aa
PF24768.2ARM_ARMC51726-1906 aa
PF24768.2ARM_ARMC51831-1993 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_007479PF25598.2ARM_PUB1143415.3e-2382.6
LXL04_007479PF00514.30Arm1321622.6e-48161.3
LXL04_007479PF24768.2ARM_ARMC54396321.4e-41143.6
LXL04_007479PF25598.2ARM_PUB4976315.3e-2382.6
LXL04_007479PF00514.30Arm5535922.6e-48161.3
LXL04_007479PF24768.2ARM_ARMC5145316151.4e-41143.6
LXL04_007479PF24768.2ARM_ARMC5172619061.4e-41143.6
LXL04_007479PF24768.2ARM_ARMC5183119931.4e-41143.6
LXL04_007479PF00168.37C2205421441.6e-1351.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IIM1拟南芥Protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 175.925%Swiss-Prot强数据库同源证据
F4I718拟南芥Protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 347.037%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C6Y4拟南芥Protein CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE 239.237%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22193拟南芥U-box domain-containing protein 436.129%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZV31拟南芥U-box domain-containing protein 1232.474%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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