LXL04_007349 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007349

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 45194650-45197952 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2340 bp · LXL04_007349|LXL04_007349|OH1004|cDNA

ATGATAAGGGGAGGAAAGAGCTTGGTTTCTTCACCACCTGCATTCTCAAACGATGCAAAACAACTTTTGGTTTGCACCGGAAATACCGTTTCCATTTTCAGCACCGCCACTGGTTTACAGGTATTGGAATTGGAAGGTCACACAGCACTAGTGACATCTATTATAGTCGTACCACCACCCACGCCTACAAGCAAGGTTTTATGCAATTGCTGGACAACTTCACTCGATGGTACTATCAAGTATTGGGATTTCTCTGGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2340 bp · LXL04_007349|LXL04_007349|OH1004|CDS

ATGATAAGGGGAGGAAAGAGCTTGGTTTCTTCACCACCTGCATTCTCAAACGATGCAAAACAACTTTTGGTTTGCACCGGAAATACCGTTTCCATTTTCAGCACCGCCACTGGTTTACAGGTATTGGAATTGGAAGGTCACACAGCACTAGTGACATCTATTATAGTCGTACCACCACCCACGCCTACAAGCAAGGTTTTATGCAATTGCTGGACAACTTCACTCGATGGTACTATCAAGTATTGGGATTTCTCTGGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

779 aa · LXL04_007349|LXL04_007349|OH1004|PROTEIN

MIRGGKSLVSSPPAFSNDAKQLLVCTGNTVSIFSTATGLQVLELEGHTALVTSIIVVPPPTPTSKVLCNCWTTSLDGTIKYWDFSGPELIKTINIQLPIYSMVIPSLLAQQSQYPSDIYAYISVKSQQKKQMKDLNGQILKCNLSKSRLIRGVLLSESKKPEKITISSTGKYFGIHEKRKLRIWEVPAKDNKHSTHRKLKLSHTKNMTCVAFHPTDRIVAAGDETGRILIWRGFGDRTFNYNNNNLGNGNNDYDEENPGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007349`
TK1151 ID	TkA03G161420
OH-1004 ID	LXL04_007349
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_007349`
位置	Chr02:45194650-45197952 (+)
描述	Similar to wdr75: WD repeat-containing protein 75
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_007349` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:2000234 positive regulation of rRNA processing 生物过程 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分 GO:0034455 t-UTP complex 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0030515 snoRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dre:368478 hsa:84128 mmu:73674 spo:2542217 xla:446399 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.858

排名 1 · LXL04_007349 · OH-1004

细胞质0.147

排名 2 · LXL04_007349 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_007349 · OH-1004

内质网0.026

排名 4 · LXL04_007349 · OH-1004

高尔基体0.019

排名 5 · LXL04_007349 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st4-94 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st14-104 aa

PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st15-237 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st15-228 aa

PF23383.2Beta-prop_IFT140_1st163-235 aa

PF23409.2Beta-prop_EML178-237 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1179-380 aa

PF24814.2WD40_Prp19193-359 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007349	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	4	94	4.8e-25	89.1
LXL04_007349	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	14	104	1.8e-28	100.3
LXL04_007349	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	15	237	4.2e-47	161.6
LXL04_007349	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	15	228	1.5e-24	87.5
LXL04_007349	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	163	235	1.1e-16	61.3
LXL04_007349	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	178	237	9.3e-14	52.3
LXL04_007349	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	179	380	1.6e-11	44.5
LXL04_007349	`PF24814.2`	WD40_Prp19	193	359	1.8e-24	87.0
LXL04_007349	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	195	307	6.3e-17	62.5
LXL04_007349	`PF00400.39`	WD40	202	231	2.2e-22	79.2
LXL04_007349	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	266	307	1.1e-16	61.3
LXL04_007349	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	270	339	4.2e-47	161.6
LXL04_007349	`PF23769.2`	Beta-prop_WDR75_2nd	393	649	4.7e-30	105.2
LXL04_007349	`PF24814.2`	WD40_Prp19	454	610	1.8e-24	87.0
LXL04_007349	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	470	595	4.8e-25	89.1
LXL04_007349	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	478	622	3.5e-27	95.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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