LXL04_007144 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007144

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 37287937-37291654 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2940 bp · LXL04_007144|LXL04_007144|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCATCCATTCACAAGAGCTTCAAGTATGATGTGTTTTTGAGTTTTGGGGGCAAAGACACTCGTACCAACTTCGTTGATCATCTTTATTATGCTCTTCAGCAGAAAAGCATTCATACATACAAGGACGACGAGAGAATAAAAAAGGGCAAAAATATTAGTGATGAGCTCATCAGATCAATAGAAGACTCAAAGTTTTACATCATTGTTTTCTCCAAAAATTATGCCTCTTCCTCTTGGTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2940 bp · LXL04_007144|LXL04_007144|OH1004|CDS

ATGGCGTCTTCTTCAACTTCATCCATTCACAAGAGCTTCAAGTATGATGTGTTTTTGAGTTTTGGGGGCAAAGACACTCGTACCAACTTCGTTGATCATCTTTATTATGCTCTTCAGCAGAAAAGCATTCATACATACAAGGACGACGAGAGAATAAAAAAGGGCAAAAATATTAGTGATGAGCTCATCAGATCAATAGAAGACTCAAAGTTTTACATCATTGTTTTCTCCAAAAATTATGCCTCTTCCTCTTGGTGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

979 aa · LXL04_007144|LXL04_007144|OH1004|PROTEIN

MASSSTSSIHKSFKYDVFLSFGGKDTRTNFVDHLYYALQQKSIHTYKDDERIKKGKNISDELIRSIEDSKFYIIVFSKNYASSSWCLDELVKIIECHKTTEHTAYPIFYDVEPSEVRNQRGAVAEAFAKLEKEEAAGKWREALKEAANLAGWELKTTANGHEAKFIRKIVKELSLELRSIKFNTDENLVGMESRIKEVVSYLGSGLDDVHMIGIKGIGGGGKTTLVRAVFDQISFQFEGKSFVENVREVSNASLSGLKSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007144`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007144

位置 Chr02:37287937-37291654 (+)

描述 Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007144 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.484

排名 1 · LXL04_007144 · OH-1004

细胞核0.286

排名 2 · LXL04_007144 · OH-1004

细胞膜0.246

排名 3 · LXL04_007144 · OH-1004

内质网0.097

排名 4 · LXL04_007144 · OH-1004

细胞外0.051

排名 5 · LXL04_007144 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR14-183 aa

PF13676.12TIR_217-113 aa

PF00931.29NB-ARC195-364 aa

PF23282.2WHD_ROQ1433-504 aa

PF23598.2LRR_14772-900 aa

PF23952.2LRR_EndoS831-929 aa

PF23598.2LRR_14898-949 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007144	`PF01582.26`	TIR	14	183	1.1e-49	169.4
LXL04_007144	`PF13676.12`	TIR_2	17	113	6.7e-15	56.4
LXL04_007144	`PF00931.29`	NB-ARC	195	364	1.2e-19	71.2
LXL04_007144	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	433	504	6.3e-16	59.0
LXL04_007144	`PF23598.2`	LRR_14	772	900	8.8e-18	64.9
LXL04_007144	`PF23952.2`	LRR_EndoS	831	929	5.5e-07	30.5
LXL04_007144	`PF23598.2`	LRR_14	898	949	8.8e-18	64.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ66`	拟南芥	Disease resistance-like protein DSC1	32.523%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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