LXL04_007049 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007049

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 34378110-34379649 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1458 bp · LXL04_007049|LXL04_007049|OH1004|cDNA

ATGGAATCCTTACAGCCATTTCCAACCGAAAACGACCTGTCAGAAGCTCGAAAAACCGTACGAGATCTCGCAATCAAGATCGAAAAAACAAACTCAAGAGctcaaaaacaccaaaaacaagaagaaaaccAGGAGGATTCTCAGTACACACAAGTAATGAAAGAAATTGAAACCATGAAACAAGAATTGGGGAAACTGAAGCTCGATATGAAACATGTTTTGAAGGAGAAAAAACATACGGAAAATGGATTCAAAGCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1458 bp · LXL04_007049|LXL04_007049|OH1004|CDS

ATGGAATCCTTACAGCCATTTCCAACCGAAAACGACCTGTCAGAAGCTCGAAAAACCGTACGAGATCTCGCAATCAAGATCGAAAAAACAAACTCAAGAGCTCAAAAACACCAAAAACAAGAAGAAAACCAGGAGGATTCTCAGTACACACAAGTAATGAAAGAAATTGAAACCATGAAACAAGAATTGGGGAAACTGAAGCTCGATATGAAACATGTTTTGAAGGAGAAAAAACATACGGAAAATGGATTCAAAGCCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

485 aa · LXL04_007049|LXL04_007049|OH1004|PROTEIN

MESLQPFPTENDLSEARKTVRDLAIKIEKTNSRAQKHQKQEENQEDSQYTQVMKEIETMKQELGKLKLDMKHVLKEKKHTENGFKASSSKSSMLSSAVERIKKEIEELDEEQVLVEIARIEAVKELEAIEAQKKEEAIRYQIQLEEIKKKTEQIIQQKASNVNMNSTRDLLHKMNAEKEALEAELEEIKREGFNLMASMDVIRNELKAMQEEMSRLEKEEEKRDLTIETLNAKILKGKLKLESVTSTTEKANSIASNLSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007049`
TK1151 ID	TkA03G105770
OH-1004 ID	LXL04_007049
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007049

位置 Chr02:34378110-34379649 (-)

描述 Similar to PMI2: Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66840`	高强度蓝光下叶绿体回避反应所需。	Two interacting coiled-coil proteins, WEB1 and PMI2, maintain the chloroplast photorelocation movement velocity in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1007836107
`At5g38150`	高强度蓝光下叶绿体回避反应所需。	Plastid movement impaired 2, a new gene involved in normal blue-light-induced chloroplast movements in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.080333
`At5g55860`	WEB 家族蛋白 At5g55860。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007049 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0009904 chloroplast accumulation movement 生物过程

GO:0016477 cell migration 生物过程

GO:0040017 positive regulation of locomotion 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0051788 response to misfolded protein 生物过程

GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0071711 basement membrane organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66840

ath:AT5G55860

cel:CELE_K08C7.3

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.653

排名 1 · LXL04_007049 · OH-1004

细胞核0.320

排名 2 · LXL04_007049 · OH-1004

细胞膜0.133

排名 3 · LXL04_007049 · OH-1004

内质网0.048

排名 4 · LXL04_007049 · OH-1004

质体0.042

排名 5 · LXL04_007049 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05701.17WEMBL149-401 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007049	`PF05701.17`	WEMBL	149	401	1.2e-13	51.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9N6`	拟南芥	Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 2	33.409%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FF41`	拟南芥	Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 15	31.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVQ4`	拟南芥	WEB family protein At5g55860	27.226%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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