LXL04_006972 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006972

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 32633154-32634586 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

876 bp · LXL04_006972|LXL04_006972|OH1004|cDNA

ATGATTGTAACAGTGAACCATGGAGTGTCATACAATAAGCACATCAACACAAGGATTGTTATCAGGGTAAGACTTTTATACATCCGGATTCAATGCAGTAACAAACACATATCATGGATTTTATGGCCAAATAGAAGCTCAAGTCTTTCAAATTCACATAAACTTCAGTATCTGAAAAATAGTATTCGCCACCCCCATTGGAGAACACTTTGTATACCTACCACTCTTCATGAAGAATATTCATCAATCCAGTCCAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · LXL04_006972|LXL04_006972|OH1004|CDS

ATGATTGTAACAGTGAACCATGGAGTGTCATACAATAAGCACATCAACACAAGGATTGTTATCAGGGTAAGACTTTTATACATCCGGATTCAATGCAGTAACAAACACATATCATGGATTTTATGGCCAAATAGAAGCTCAAGTCTTTCAAATTCACATAAACTTCAGTATCTGAAAAATAGTATTCGCCACCCCCATTGGAGAACACTTTGTATACCTACCACTCTTCATGAAGAATATTCATCAATCCAGTCCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

291 aa · LXL04_006972|LXL04_006972|OH1004|PROTEIN

MIVTVNHGVSYNKHINTRIVIRVRLLYIRIQCSNKHISWILWPNRSSSLSNSHKLQYLKNSIRHPHWRTLCIPTTLHEEYSSIQSKKNSNSDEFDQPIDNDQLMALLADAERAKLLRKLSEANQHNRYLKRQLLVREDSIAQFKSELAITELEIQGLLNMAKEIVGYGIPGGSRKINGKYIQSLLLLQLQGVQEKLKKQIKEVELAQSKEVWLYWSGMAESVQVMGSFDGWSHGDDLSAEYTGSYTRFSTSIMLRPGRYE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006972`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006972

位置 Chr02:32633154-32634586 (-)

描述 Similar to PTST: Protein PTST, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39790`	参与将GBSS1靶向至淀粉颗粒。	Arabidopsis At5g39790 encodes a chloroplast-localized, carbohydrate-binding, coiled-coil domain-containing putative scaffold protein.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-120
`At5g03420`	参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。	暂无已核实直接文献
`At1g27070`	参与叶绿体中淀粉颗粒的起始。	Homologs of PROTEIN TARGETING TO STARCH Control Starch Granule Initiation in Arabidopsis Leaves.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00222 Two Plastidial Coiled-Coil Proteins Are Essential for Normal Starch Granule Initiation in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00219

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0686900`	参与复合淀粉颗粒的形成和胚乳中淀粉的合成。	FLOURY ENDOSPERM6 encodes a CBM48 domain-containing protein involved in compound granule formation and starch synthesis in rice endosperm.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12444

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010581 regulation of starch biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009569 chloroplast starch grain 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0030247 polysaccharide binding 分子功能

GO:2001066 amylopectin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27070

ath:AT5G03420

ath:AT5G39790

dosa:Os03g0686900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · LXL04_006972 · OH-1004

细胞核0.037

排名 2 · LXL04_006972 · OH-1004

线粒体0.033

排名 3 · LXL04_006972 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_006972 · OH-1004

过氧化物酶体0.017

排名 5 · LXL04_006972 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16561.12AMPK1_CBM212-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006972	`PF16561.12`	AMPK1_CBM	212	280	7.7e-15	55.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AX2`	拟南芥	Protein PTST, chloroplastic	63.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KFB3`	拟南芥	Protein PTST homolog 3, chloroplastic	39.837%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFY0`	拟南芥	Protein PTST homolog 2, chloroplastic	46.154%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q10F03`	水稻	Protein FLOURY ENDOSPERM 6, chloroplastic	37.273%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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