LXL04_006734 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006734

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 23574268-23575633 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1029 bp · LXL04_006734|LXL04_006734|OH1004|cDNA

ATGCTACTTCACGGGAACTTCTCCCTTCCATTCCGATCACCCCTCCGCCTACGAGTACGACCTCCGATcacccaccaccaccacccacGCAAACTCTCATTCGCAGCAATTTCATCTTCCGCCGGTTTTGCCATCTCCGACCAAGAGCTGGAATCGCGAGGCTTCATCTTCCGCCGCACAATCGAAGACCTGAACTTAGACCACTTAAACTCCGTCTTTGTCGCCGTCGGTTTCCCAAAACGAGACACCGACAAGATAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · LXL04_006734|LXL04_006734|OH1004|CDS

ATGCTACTTCACGGGAACTTCTCCCTTCCATTCCGATCACCCCTCCGCCTACGAGTACGACCTCCGATCACCCACCACCACCACCCACGCAAACTCTCATTCGCAGCAATTTCATCTTCCGCCGGTTTTGCCATCTCCGACCAAGAGCTGGAATCGCGAGGCTTCATCTTCCGCCGCACAATCGAAGACCTGAACTTAGACCACTTAAACTCCGTCTTTGTCGCCGTCGGTTTCCCAAAACGAGACACCGACAAGATAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · LXL04_006734|LXL04_006734|OH1004|PROTEIN

MLLHGNFSLPFRSPLRLRVRPPITHHHHPRKLSFAAISSSAGFAISDQELESRGFIFRRTIEDLNLDHLNSVFVAVGFPKRDTDKIKVALEHTDSLLWVEYEKTKRPVAFARATGDGVFNAIIWDVVVDPTFQGIGLGKAVIERVVEELLEKGIINIALYSEPRVLGFYRPLGFVSDPEGIRGMVYSRKNKKKYVSGGGRMASSVSSVSGGGRSRRQGIRSRCGCGDLVGSWTCWKSTHPGRRFVGCPNFRKKSCGYFFW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006734`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006734

位置 Chr02:23574268-23575633 (+)

描述 Similar to SNAT2: Serotonin N-acetyltransferase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g26220`	具有双重特异性的蛋白乙酰转移酶，可催化N端α-乙酰化（NTA）和赖氨酸ε-乙酰化（KA），可能催化效率较低，或作用于特定的质体底物。	Knockout of Arabidopsis Serotonin N -Acetyltransferase-2 Reduces Melatonin Levels and Delays Flowering.2019 · DOI: 10.3390/biom9110712

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0102000`	催化血清素的N-乙酰化生成N-乙酰血清素，这是褪黑素合成的倒数第二步。	Cloning and characterization of the serotonin N-acetyltransferase-2 gene (SNAT2) in rice (Oryza sativa).2016 · DOI: 10.1111/jpi.12339

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006734 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006474 N-terminal protein amino acid acetylation 生物过程

GO:0018394 peptidyl-lysine acetylation 生物过程

GO:0030187 melatonin biosynthetic process 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004059 aralkylamine N-acetyltransferase activity 分子功能

GO:0008080 N-acetyltransferase activity 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

GO:0061733 protein-lysine-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26220

dosa:Os08g0102000

syn:sll0286

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.787

排名 1 · LXL04_006734 · OH-1004

线粒体0.136

排名 2 · LXL04_006734 · OH-1004

细胞核0.094

排名 3 · LXL04_006734 · OH-1004

细胞质0.039

排名 4 · LXL04_006734 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 5 · LXL04_006734 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00583.32Acetyltransf_183-174 aa

PF13673.14Acetyltransf_1089-176 aa

PF13508.14Acetyltransf_795-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006734	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	83	174	3.3e-12	47.4
LXL04_006734	`PF13673.14`	Acetyltransf_10	89	176	2.3e-06	28.3
LXL04_006734	`PF13508.14`	Acetyltransf_7	95	175	2.8e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C666`	拟南芥	GCN5-related N-acetyltransferase 1, chloroplastic	65.327%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z1Y6`	水稻	Serotonin N-acetyltransferase 2, chloroplastic	48.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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