LXL04_006468 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006468

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 11451020-11470766 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

15249 bp · LXL04_006468|LXL04_006468|OH1004|cDNA

ATGACTTCTAGCTCAGCTGGGATAAGGTACCGGGTTATAGTCCTGTGTGGAGCAAATGTCAGGGTTTCGATCCTGGCTGGAGCAACATGTGGGGATTTTCCCCTGAATAGTGGCCAGGTAAGAGGTCACATGCGGTCTGCTGAAGCCTCCTTTGCGGGAAACTGGGTCGGCGTATTGTGGCGTGGTTATTCCAGGGACTCGAACCTGGGTCCTTCGGGACAAAGTGCGCGGTGGCACATCAGTCACACACAAATACATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

15249 bp · LXL04_006468|LXL04_006468|OH1004|CDS

ATGACTTCTAGCTCAGCTGGGATAAGGTACCGGGTTATAGTCCTGTGTGGAGCAAATGTCAGGGTTTCGATCCTGGCTGGAGCAACATGTGGGGATTTTCCCCTGAATAGTGGCCAGGTAAGAGGTCACATGCGGTCTGCTGAAGCCTCCTTTGCGGGAAACTGGGTCGGCGTATTGTGGCGTGGTTATTCCAGGGACTCGAACCTGGGTCCTTCGGGACAAAGTGCGCGGTGGCACATCAGTCACACACAAATACATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

5082 aa · LXL04_006468|LXL04_006468|OH1004|PROTEIN

MTSSSAGIRYRVIVLCGANVRVSILAGATCGDFPLNSGQVRGHMRSAEASFAGNWVGVLWRGYSRDSNLGPSGQSARWHISHTQIHSSSVPRSIYPAMAEEIARLVGVLFDDKASSSSNDIRLRSEKLGLQTLYLILKQGVEINSNGKLGLQHWDQAQIQAVISVAYAIVSSTRSISVEQVEPIIVAVMEQSLEFALCCLEKSVATSDDISFIQLLEIALVDGTIKEADVSHPSTSLLTDSIKSIPLRTENVELQDHIEC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006468`
TK1151 ID	TkA03G039760
OH-1004 ID	LXL04_006468
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.091 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006468

位置 Chr02:11451020-11470766 (-)

描述 Similar to BIG: Auxin transport protein BIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02260`	生长素外排和极性生长素转运（PAT）所必需，影响细胞伸长、顶端优势、侧根形成、花序结构及整体生长发育等生长素介导的发育应答。	BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1101/gad.905201 Mutations in the huge Arabidopsis gene BIG affect a range of hormone and light responses.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01779.x The auxin transport inhibitor response 3 (tir3) allele of BIG and auxin transport inhibitors affect the gibberellin status of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02287.x CRM1/BIG-mediated auxin action regulates Arabidopsis inflorescence development.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm094 Arabidopsis mutants define downstream branches in the phototransduction pathway.1994 · DOI: 10.1101/gad.8.3.339 Reduced naphthylphthalamic acid binding in the tir3 mutant of Arabidopsis is associated with a reduction in polar auxin transport and diverse morphological defects.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.745

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0247700`	对生长素外排和极性生长素运输（PAT）必需，影响生长素介导的发育反应（如细胞伸长、顶端优势、侧根产生、花序结构、总体生长和发育）（基于相似性）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006468 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02260

dosa:Os09g0247700

hsa:23352

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.467

排名 1 · LXL04_006468 · OH-1004

细胞质0.380

排名 2 · LXL04_006468 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 3 · LXL04_006468 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 4 · LXL04_006468 · OH-1004

内质网0.085

排名 5 · LXL04_006468 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30802.1zf-UBR_11594-1650 aa

PF00569.24ZZ2637-2669 aa

PF24079.2UBR43539-3664 aa

PF30837.1UBR4_Ub4167-4293 aa

PF30838.1UBR4_TPR4310-4652 aa

PF13764.13E3_UbLigase_R44716-5056 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006468	`PF30802.1`	zf-UBR_1	1594	1650	1.2e-08	35.9
LXL04_006468	`PF00569.24`	ZZ	2637	2669	3.2e-09	37.2
LXL04_006468	`PF24079.2`	UBR4	3539	3664	2e-34	119.4
LXL04_006468	`PF30837.1`	UBR4_Ub	4167	4293	6.4e-48	161.8
LXL04_006468	`PF30838.1`	UBR4_TPR	4310	4652	6.5e-106	354.8
LXL04_006468	`PF13764.13`	E3_UbLigase_R4	4716	5056	1.5e-123	412.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRU2`	拟南芥	Auxin transport protein BIG	61.931%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9G2A8`	水稻	Auxin transport protein BIG	62.271%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情