LXL04_006389 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006389

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 9545312-9545890 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

579 bp · LXL04_006389|LXL04_006389|OH1004|cDNA

ATGGAACCTTCAAAAGTCCCCAAATCATTCGGTTGTTTCCCTCAAAAGGGTAATTTGCTCGTGAAACTAAGCAGCTTTCGTTCCAAGAGTAGTACCGCCACTTCAAACTCAACCACCCCTACGTTAATGTCTCCCAAATCCCCAAAACCAAACACGATCAACAGACAATTACAAGATTTCAGATGGGTTTTCGCTCGTTTTGACACCGACAACGACGGAAAGATTTCAGCTTTGGAGCTCCGATCATACTTCGGGTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · LXL04_006389|LXL04_006389|OH1004|CDS

ATGGAACCTTCAAAAGTCCCCAAATCATTCGGTTGTTTCCCTCAAAAGGGTAATTTGCTCGTGAAACTAAGCAGCTTTCGTTCCAAGAGTAGTACCGCCACTTCAAACTCAACCACCCCTACGTTAATGTCTCCCAAATCCCCAAAACCAAACACGATCAACAGACAATTACAAGATTTCAGATGGGTTTTCGCTCGTTTTGACACCGACAACGACGGAAAGATTTCAGCTTTGGAGCTCCGATCATACTTCGGGTCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · LXL04_006389|LXL04_006389|OH1004|PROTEIN

MEPSKVPKSFGCFPQKGNLLVKLSSFRSKSSTATSNSTTPTLMSPKSPKPNTINRQLQDFRWVFARFDTDNDGKISALELRSYFGSIGEYMSHQEAQCVIDDLDVDGDGFIDFEDFMRLMKVKDEGDDVKAAFEMFEHEKGCGQISPKSLQKTLSRLGESKSYDECLKMIKVFDVHGKGGVDFNEFQQMMMT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006389`
TK1151 ID	TkA03G028980
OH-1004 ID	LXL04_006389
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 78.125 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006389

位置 Chr02:9545312-9545890 (-)

描述 Similar to CML41: Probable calcium-binding protein CML41

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50770`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g66400`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g76650`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	Developmental and stimulus-induced expression patterns of Arabidopsis calmodulin-like genes CML37, CML38 and CML39.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9189-0
`At1g18210`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g73630`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006389 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程

GO:0080164 regulation of nitric oxide metabolic process 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18210

ath:AT1G66400

ath:AT1G76650

ath:AT3G50770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.393

排名 1 · LXL04_006389 · OH-1004

细胞核0.288

排名 2 · LXL04_006389 · OH-1004

细胞膜0.145

排名 3 · LXL04_006389 · OH-1004

质体0.124

排名 4 · LXL04_006389 · OH-1004

内质网0.119

排名 5 · LXL04_006389 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21008.4AIF-142-124 aa

PF13499.13EF-hand_759-121 aa

PF00036.39EF-hand_159-84 aa

PF13405.13EF-hand_663-88 aa

PF13202.13EF-hand_563-82 aa

PF13833.13EF-hand_888-121 aa

PF00036.39EF-hand_197-121 aa

PF13405.13EF-hand_699-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006389	`PF21008.4`	AIF-1	42	124	5.2e-10	40.4
LXL04_006389	`PF13499.13`	EF-hand_7	59	121	1.4e-21	77.3
LXL04_006389	`PF00036.39`	EF-hand_1	59	84	7.5e-19	66.5
LXL04_006389	`PF13405.13`	EF-hand_6	63	88	2.2e-18	64.9
LXL04_006389	`PF13202.13`	EF-hand_5	63	82	2.9e-14	52.5
LXL04_006389	`PF13833.13`	EF-hand_8	88	121	1.3e-13	51.2
LXL04_006389	`PF00036.39`	EF-hand_1	97	121	7.5e-19	66.5
LXL04_006389	`PF13405.13`	EF-hand_6	99	121	2.2e-18	64.9
LXL04_006389	`PF13202.13`	EF-hand_5	101	120	2.9e-14	52.5
LXL04_006389	`PF13499.13`	EF-hand_7	140	191	1.4e-21	77.3
LXL04_006389	`PF13833.13`	EF-hand_8	143	190	1.3e-13	51.2
LXL04_006389	`PF00036.39`	EF-hand_1	165	191	7.5e-19	66.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L3R2`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML41	48.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8Y1`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML23	37.324%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRE6`	拟南芥	Calcium-binding protein CML38	41.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LE22`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML27	36.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9U8`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML26	36.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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