LXL04_006138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006138

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 2204038-2204986 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

810 bp · LXL04_006138|LXL04_006138|OH1004|cDNA

ATGTCAGCAATTGGGAGCACACTACGATCCAAATTACGGTTATCCATTTCCTCATTTCTCCACCATGACCTAACTCGAACACCCATCTTCAAACACTACATCTCTTCTTCCtactcttcttcttcttcaattaCATCACCATTATCATTCAATCACACAACCAAAACCATCAGCGACATACTATACTCACAACACCCCCGCCATTACCACGATGGTAGACCCAGAGGATCTCTCTGGAGAGGAAAGAAAATGATTGGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · LXL04_006138|LXL04_006138|OH1004|CDS

ATGTCAGCAATTGGGAGCACACTACGATCCAAATTACGGTTATCCATTTCCTCATTTCTCCACCATGACCTAACTCGAACACCCATCTTCAAACACTACATCTCTTCTTCCTACTCTTCTTCTTCTTCAATTACATCACCATTATCATTCAATCACACAACCAAAACCATCAGCGACATACTATACTCACAACACCCCCGCCATTACCACGATGGTAGACCCAGAGGATCTCTCTGGAGAGGAAAGAAAATGATTGGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

269 aa · LXL04_006138|LXL04_006138|OH1004|PROTEIN

MSAIGSTLRSKLRLSISSFLHHDLTRTPIFKHYISSSYSSSSSITSPLSFNHTTKTISDILYSQHPRHYHDGRPRGSLWRGKKMIGKEALFVILGIKRVKHDEQNLENFIKIHVSRLLKMDMVAVLNELERQEEVDLAVKMFWVIQKQDWYTPDVYLYKDLIISLSKSKKMEEAMKLWESMKKENLYPDSQTYTEVIRGFLRFGSPGDAMNIYEDMKQSPDPPEELPFRILLKGLLPHPLLRNKVKQDFEEIFPDQSIYD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006138`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006138

位置 Chr02:2204038-2204986 (-)

描述 Similar to THA8L: Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46870`	弱结合特定单链 RNA (ssRNA)。	Structure of a PLS-class pentatricopeptide repeat protein provides insights into mechanism of RNA recognition.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.496828
`At1g62350`	含五肽重复的蛋白 At1g62350。	暂无已核实直接文献
`At5g41170`	含五聚肽重复的线粒体蛋白 At5g41170。	暂无已核实直接文献
`At3g16710`	推定含五肽重复序列的蛋白质 At3g16710，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62590`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62590。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:1990825 sequence-specific mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62350

ath:AT3G16710

ath:AT3G46870

ath:AT5G41170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.752

排名 1 · LXL04_006138 · OH-1004

质体0.178

排名 2 · LXL04_006138 · OH-1004

细胞核0.047

排名 3 · LXL04_006138 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_006138 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_006138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N133-214 aa

PF13041.13PPR_2153-201 aa

PF01535.27PPR158-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006138	`PF29070.1`	MSC6_N	133	214	2.9e-06	27.4
LXL04_006138	`PF13041.13`	PPR_2	153	201	2.5e-17	63.4
LXL04_006138	`PF01535.27`	PPR	158	185	1.1e-10	41.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STF9`	拟南芥	Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic	65.217%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q1PFH7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350	45.856%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLL3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g41170, mitochondrial	32.331%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LUR2`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16710, mitochondrial	28.696%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62590	30.435%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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