LXL04_005812 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005812

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 173821772-173822676 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

708 bp · LXL04_005812|LXL04_005812|OH1004|cDNA

ATGGATTCAATTGCTGTGGCTGAATTTGGGGGTAGATTGATTCATGAGTTACGTGGAAAAGGCAGCCATGGAAGACCTTCAGGATCCCTCGCTGTTCAACGCGAGCCAATTGATCGAGCAGCCATTGAAGAAGCAATTAAGGTCGTGACTTGTTTCTATGAAGATAAAACCGAATGGGCTACCGGCCCCGATTTTGACCTACTCGAGAAGGTACACGAAGCCGCAGAGGAATTACAAATGTTGATAGATGAGAAATCGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · LXL04_005812|LXL04_005812|OH1004|CDS

ATGGATTCAATTGCTGTGGCTGAATTTGGGGGTAGATTGATTCATGAGTTACGTGGAAAAGGCAGCCATGGAAGACCTTCAGGATCCCTCGCTGTTCAACGCGAGCCAATTGATCGAGCAGCCATTGAAGAAGCAATTAAGGTCGTGACTTGTTTCTATGAAGATAAAACCGAATGGGCTACCGGCCCCGATTTTGACCTACTCGAGAAGGTACACGAAGCCGCAGAGGAATTACAAATGTTGATAGATGAGAAATCGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · LXL04_005812|LXL04_005812|OH1004|PROTEIN

MDSIAVAEFGGRLIHELRGKGSHGRPSGSLAVQREPIDRAAIEEAIKVVTCFYEDKTEWATGPDFDLLEKVHEAAEELQMLIDEKSYHLVSATAKQKHMDDAAHEEEEEHSNETPRLKQSHTFKNIDRHMPNMSMNLPWAGSCEEDALKMQLQWPSRLSFVGEAILNEREVRTYESASALSLANFTSSLFEFVARLQNLLNSFKELSEKAKFTDTKNPLEKEEGGFWTRLMGFNN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005812`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005812

位置 Chr01:173821772-173822676 (-)

描述 Similar to ALMT6: Aluminum-activated malate transporter 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g17470`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g68600`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g25480`	苹果酸转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g02730`	参与茎和根的生长。	Disruption of ATCSLD5 results in reduced growth, reduced xylan and homogalacturonan synthase activity and altered xylan occurrence in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03281.x
`At3g18440`	液泡苹果酸通道。	The Arabidopsis vacuolar malate channel is a member of the ALMT family.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03367.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005812 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0015743 malate transport 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0071423 malate transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02730

ath:AT1G25480

ath:AT1G68600

ath:AT2G17470

ath:AT3G18440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.361

排名 1 · LXL04_005812 · OH-1004

细胞质0.350

排名 2 · LXL04_005812 · OH-1004

细胞膜0.297

排名 3 · LXL04_005812 · OH-1004

内质网0.088

排名 4 · LXL04_005812 · OH-1004

线粒体0.083

排名 5 · LXL04_005812 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11744.15ALMT33-207 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005812	`PF11744.15`	ALMT	33	207	4.4e-21	76.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHM1`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 6	41.573%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93Z29`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 5	39.877%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C6L8`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 4	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRW9`	拟南芥	Cellulose synthase-like protein D5	65.517%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LS46`	拟南芥	Aluminum-activated malate transporter 9	36.098%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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