LXL04_005801 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005801

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 173584259-173586701 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1676 bp · LXL04_005801|LXL04_005801|OH1004|cDNA

TTTTACAATCTACAACTTATTTCAGACACCATCCACAATTCCACATATCTCTCCCCACATGCTTTGACTCCAATCTTTGACACCGCGTAATGGGCAACTGCAACGGCGTCCCGGCTACCGCCAACGGCGgcgccaccaccaccaccaccactcaCACCTCCAACTCGAACAACCCAACTACACCACAACCACAGCAACAATCTCCACCCAAGGGCCTCACGATCCTTCCCGCATCGGATCCAGCACCTCCTCGCCAACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1587 bp · LXL04_005801|LXL04_005801|OH1004|CDS

ATGGGCAACTGCAACGGCGTCCCGGCTACCGCCAACGGCGGCGCCACCACCACCACCACCACTCACACCTCCAACTCGAACAACCCAACTACACCACAACCACAGCAACAATCTCCACCCAAGGGCCTCACGATCCTTCCCGCATCGGATCCAGCACCTCCTCGCCAACCGCCGCCGGCGAGCGTCGGCCGTGTCCTCGGCCGCCCACTGGAAGATGTTCGCGCAACCTACACAATGGGTCGAGAGCTCGGCCGCGGCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

528 aa · LXL04_005801|LXL04_005801|OH1004|PROTEIN

MGNCNGVPATANGGATTTTTTHTSNSNNPTTPQPQQQSPPKGLTILPASDPAPPRQPPPASVGRVLGRPLEDVRATYTMGRELGRGQFGVTYLVTHKTTHQQFACKSIAMRKLVNKDDIEDVRREVQIMHHLTGHRNIVELKGAYEDRHSVNLIMELCAGGELFDRIIAKGHYSERAAAGLCRQMVTVVHNCHTMGVFHRDLKPENFLFLNTDEDSPLKATDFGLSVFFKPGDVFKDLVGSAYYVAPEVLRRRYGAEADI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005801`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005801

位置 Chr01:173584259-173586701 (+)

描述 Similar to CPK1: Calcium-dependent protein kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23650`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	CDPKs CPK6 and CPK3 function in ABA regulation of guard cell S-type anion- and Ca(2+)-permeable channels and stomatal closure.2006 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0040327
`At5g12180`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g19360`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0622600`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os05g0585500`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005801 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G23650

ath:AT5G12180

ath:AT5G19360

dosa:Os05g0585500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.540

排名 1 · LXL04_005801 · OH-1004

细胞质0.387

排名 2 · LXL04_005801 · OH-1004

细胞核0.223

排名 3 · LXL04_005801 · OH-1004

高尔基体0.064

排名 4 · LXL04_005801 · OH-1004

内质网0.053

排名 5 · LXL04_005801 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase77-335 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr78-330 aa

PF00036.39EF-hand_1383-409 aa

PF13499.13EF-hand_7383-443 aa

PF13405.13EF-hand_6383-411 aa

PF13202.13EF-hand_5383-405 aa

PF13833.13EF-hand_8395-442 aa

PF00036.39EF-hand_1418-445 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005801	`PF00069.32`	Pkinase	77	335	2.6e-76	257.2
LXL04_005801	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	78	330	2.9e-27	96.3
LXL04_005801	`PF00036.39`	EF-hand_1	383	409	3.8e-35	117.5
LXL04_005801	`PF13499.13`	EF-hand_7	383	443	1.3e-33	115.8
LXL04_005801	`PF13405.13`	EF-hand_6	383	411	7.1e-28	94.3
LXL04_005801	`PF13202.13`	EF-hand_5	383	405	7.2e-24	82.8
LXL04_005801	`PF13833.13`	EF-hand_8	395	442	1.3e-19	70.4
LXL04_005801	`PF00036.39`	EF-hand_1	418	445	3.8e-35	117.5
LXL04_005801	`PF13499.13`	EF-hand_7	452	515	1.3e-33	115.8
LXL04_005801	`PF13405.13`	EF-hand_6	455	482	7.1e-28	94.3
LXL04_005801	`PF00036.39`	EF-hand_1	457	481	3.8e-35	117.5
LXL04_005801	`PF13202.13`	EF-hand_5	457	477	7.2e-24	82.8
LXL04_005801	`PF14658.13`	EF-hand_9	457	516	8.8e-11	42.8
LXL04_005801	`PF13833.13`	EF-hand_8	467	516	1.3e-19	70.4
LXL04_005801	`PF00036.39`	EF-hand_1	490	516	3.8e-35	117.5
LXL04_005801	`PF13405.13`	EF-hand_6	490	516	7.1e-28	94.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42479`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 3	81.075%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMP5`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 17	69.663%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3E9C0`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 34	73.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2ZVI7`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 1	83.262%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6I587`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 15	81.974%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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